结论：工程完工后开具质保金发票是否合法，需结合质保金性质、合同约定及税法规定综合判断，在符合条件的情况下是合法的。以下从不同角度展开分析：

1. 从合同履行与发票开具的关联性看

• 合法情形：若合同明确约定质保金为工程款的一部分，且工程已通过验收、质保期未启动（或合同未约定质保期与发票开具挂钩），则完工后开具质保金发票符合《民法典》中“按约履行”的原则，也符合《发票管理办法》中“发生经营业务确认收入时开具发票”的要求。
• 风险情形：若合同约定“质保金需在质保期满且无质量问题后支付”，而完工时质保期尚未开始，此时开具发票可能被认定为“提前确认收入”，存在税务风险（如增值税纳税义务时间提前）。

2. 从税法规定的纳税义务时间看

• 增值税角度：根据《增值税暂行条例》及实施细则，销售货物或应税劳务的纳税义务时间为“收讫销售款项或取得索取销售款项凭据的当天”。若工程完工时已满足以下条件之一，可开具发票：
  • 合同约定完工后即支付质保金（无质保期限制）；
  • 虽约定质保期，但双方协商一致提前支付且无争议。
• 企业所得税角度：根据《企业所得税法实施条例》，收入确认需遵循“权责发生制”。若质保金属于工程款的一部分，完工时已实际完成施工义务，可确认收入并开具发票；若质保金与质保期挂钩，则需在质保期满后确认收入。

3. 从实务操作中的合规建议看

• 合同条款明确：建议在合同中约定质保金的支付条件（如“完工后支付XX%作为质保金，质保期X年，期满无质量问题后支付余款”），并明确发票开具时间（如“随工程款同步开具”或“质保期满后开具”）。
• 税务合规处理：若完工时开具质保金发票，需确保：
  • 已实际收到款项或取得收款凭据；
  • 会计上已确认收入（避免税会差异）；
  • 留存合同、验收单等证明材料备查。
• 风险规避：若对质保金支付时间存在争议，可先开具收据，待条件成就后再补开发票，避免因发票开具时间与纳税义务时间不一致引发税务稽查。

总结建议

工程完工后能否开具质保金发票，需以合同约定和实际履行情况为准。若合同未将质保金与质保期挂钩，或双方协商一致提前支付，则开具发票合法；若合同明确质保期与支付条件，则需待条件成就后再开具。建议企业在操作前核对合同条款，并咨询税务机关或专业律师，确保合规。

如有具体合同条款或操作细节需要分析，可直接向我提问，我会结合实际情况提供进一步建议。