针对您提出的“集体土地上合资建房协议无效，出资人的利益如何保障”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，在我国，土地实行用途管制制度，特别是集体土地的使用有着严格的法律规定。建设占用土地，尤其是农用地转为建设用地，必须办理相应的审批手续。同时，宅基地使用权仅限于本集体经济组织成员，且农民集体所有的土地使用权不得出让、转让或出租用于非农业建设。因此，当合资建房协议涉及集体土地且未经合法审批时，该协议很可能因违反法律禁止性规定而被认定为无效。

接下来，我们分析出资人在协议无效情况下的利益保障问题。以您提供的案例为例，若出资人B与村民A签订了《合资建房协议》，但协议因违反法律规定而无效，B作为出资方，其利益如何得到保障呢？

1. 财产返还与折价补偿：

   • 根据《中华人民共和国合同法》（现为《中华人民共和国民法典》合同编）的相关规定，合同无效或被撤销后，因该合同取得的财产应当予以返还。不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。
   • 在此案例中，B支付了29万元作为合资建房款，这实为转让土地使用权的对价（尽管这种转让是违法的）。因此，A应当将其收取的29万元返还给B。

2. 过错责任分担：

   • 合同无效后，有过错的一方应当赔偿对方因此受到的损失。双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
   • 在此案例中，A和B作为完全民事行为能力人，应当知道建房所用土地为农村集体土地且未经合法审批。因此，双方对合同无效均有过错，应各自承担相应的责任。但B的出资行为本身并不因房屋被拆除而完全失去保障，A有义务返还B的出资。

3. 实际损失赔偿：

   • 除了返还出资外，如果B因合同无效而遭受了其他实际损失（如利息损失、因建房而产生的其他费用等），B还可以根据过错责任分担的原则，要求A进行相应的赔偿。但需要注意的是，这种赔偿通常需要B能够提供充分的证据来证明其损失。

4. 法律途径：

   • 如果A拒绝返还出资或赔偿损失，B可以通过法律途径来维护自己的权益。这包括向法院提起诉讼，要求A返还出资并赔偿损失。

综上所述，当集体土地上合资建房协议无效时，出资人的利益可以通过财产返还、折价补偿、过错责任分担以及法律途径等方式得到一定程度的保障。但需要注意的是，由于合资建房行为本身可能违反法律规定，因此出资人在参与此类活动时应格外谨慎，并充分了解相关法律法规和风险。