当宅基地合作建房合同被认定无效后，处理后续事宜需遵循一系列法律原则和实际操作步骤，以确保双方权益得到妥善维护。以下是对此问题的详细解答：
一、合同无效的法律基础与后果
宅基地合作建房合同若因违反法律法规（如《中华人民共和国土地管理法》中关于宅基地不得私自买卖或变相买卖的规定）而被认定无效，该合同自始不具有法律约束力。这意味着双方需恢复到合同订立前的状态，并依据过错程度承担相应的法律责任。
二、处理合同无效的具体步骤
确认合同无效：
- 首先，需明确合同被认定无效的具体原因，如是否违反法律强制性规定、是否损害社会公共利益等。
- 确认合同无效的方式包括法院判决、仲裁裁决或双方协商一致等。
返还财产：
- 宅基地及房屋的返还：买方（或合作方）需将宅基地及其上的建筑物、附着物等按原状返还给卖方（或宅基地使用权人）。若存在改建或扩建，应与卖方协商处理补偿事宜。
- 购房款或投资款的返还：卖方需向买方如数退还已收取的宅基地转让价款或合作建房投资款，不得无故拖延或拒绝。
折价补偿与赔偿损失：
- 折价补偿：若买方在占有使用宅基地及房屋期间进行了装修、改建等添附行为，导致房屋价值增加，卖方应对买方的添附价值进行合理补偿。补偿金额应基于装修或改建的现存价值进行评估。
- 赔偿损失：如合同无效是由一方过错导致（如卖方故意隐瞒宅基地不能合作建房的事实或买方明知不符合条件仍签订合同），过错方应赔偿对方因此遭受的直接和间接损失。若双方均有过错，则各自承担相应责任。
处理增值部分：
- 若宅基地及地上房屋在合作建房后发生了增值，对于增值部分的分配，应根据双方的过错程度和贡献大小进行合理划分。一般而言，若买方对房屋的增值做出了较大贡献（如进行了翻建、扩建等），其有权要求获得相应的增值收益。但具体比例需由法院或仲裁机构根据实际情况进行裁量。
特殊情况处理：
- 涉及拆迁利益的分配：若合同无效前宅基地及房屋已面临拆迁，且买方已获得部分拆迁利益，对于拆迁利益的分配需综合考虑多种因素，如双方的过错程度、对房屋的实际贡献等。一般来说，与宅基地及房屋原始价值相关的拆迁补偿应归卖方所有，而与买方添附等行为相关的增值部分可合理分配。
- 信赖利益的保护：若买方基于对合同有效的信赖进行了长期投入和使用，形成了生活依赖，法院在处理时可能会适当考虑保护买方的信赖利益，但需在不违反法律强制性规定的前提下进行。
三、寻求法律救济与注意事项
寻求法律救济：
- 若双方在返还财产、赔偿损失或增值部分分配等方面存在争议，可通过诉讼或仲裁等方式解决。
- 在提起诉讼或申请仲裁前，建议咨询专业律师，了解相关法律规定和诉讼程序，以便更好地维护自己的合法权益。
注意事项：
- 保留证据：双方应妥善保管与合同相关的证据材料，如购房款支付凭证、房屋交接手续、装修费用发票等。这些证据将有助于在后续的法律程序中证明自己的主张。
- 及时沟通：双方应积极沟通，协商解决问题。若无法达成一致意见，可寻求第三方调解或仲裁机构的帮助。
- 遵守法律程序：在处理合同无效的过程中，必须严格遵守法律程序，确保自己的权益得到合法保护。不要采取过激行为或非法手段来解决问题。
综上所述，宅基地合作建房合同无效后的处理需遵循返还原则、折价补偿与赔偿损失原则，并特别注意特殊情况的处理。双方应增强法律意识，遵守法律法规，确保合同的有效性，以维护自身的合法权益。