在合同纠纷中，若被告不认可双方签署的协议，法院会依据相关证据及法律规定进行审理，核心在于判断合同是否成立并生效。具体审理过程及可能结果如下：
一、合同成立要件的审查
法院首先会审查合同是否满足成立的一般要件，这包括：
- 当事人具有相应民事行为能力：即合同双方是否具备签订合同的法律资格，如是否为完全民事行为能力人。
- 意思表示真实：合同内容是否反映了双方的真实意愿，是否存在欺诈、胁迫等情形。
- 内容不违反法律法规强制性规定：合同条款是否合法，是否违背公序良俗。
二、证据的综合审查
在确认合同成立要件的基础上，法院会进一步审查双方提供的证据，以判断合同是否实际存在并生效。证据类型包括但不限于：
- 书面形式证据：如合同书、信件、数据电文（如电子邮件、短信）等，这些是证明合同存在的直接证据。
- 间接证据：如双方履行合同主要义务的事实，包括付款记录、交货凭证、服务提供记录等，这些可以间接证明合同的存在。
- 证人证言：如有目击者或了解合同签订过程的第三方提供证言，法院会考量其与当事人的关系、证言的可信度等。
- 交易习惯：当事人以往的交易方式、行业惯例等，也可作为参考。
三、证明标准的适用
根据民事诉讼的证明标准，主张合同成立的一方需提供高度盖然性的证据，使法官内心确信合同的存在。这意味着：
- 证据需形成完整链条：证明合同的订立、履行等关键环节，即便对方否认，法院也可能认定合同成立并生效。
- 证据不足的处理：若证据不足以形成完整链条，法院可能驳回关于合同成立的主张。
四、可能的结果
- 合同成立并生效：若法院认为证据充分，能够证明合同的存在及双方的真实意愿，且合同内容合法，则可能认定合同成立并生效，被告需承担合同约定的义务。
- 合同不成立或无效：若法院认为证据不足，或合同存在欺诈、胁迫等情形，或内容违反法律法规强制性规定，则可能认定合同不成立或无效，被告无需承担合同义务。
五、建议
- 保留好相关证据：无论是书面合同还是间接证据，都应妥善保管，以备不时之需。
- 及时咨询专业律师：在合同纠纷中，专业律师的指导至关重要，可以帮助你更好地理解法律条款，准备证据，维护自身权益。
若你遇到类似问题，或有其他合同纠纷方面的疑问，可以直接向我咨询。我将结合你的具体情况，提供专业的法律意见。