在施工分包合同中约定工程款由第三方垫付，且总包单位加收费用的合法性，需根据具体情况进行综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
合法情形
合同明确约定且不违反法律法规：
- 若总包单位、分包单位及第三方在合同中明确约定了工程款由第三方垫付，且总包单位加收费用作为管理或协调成本，同时该约定不违反《建筑法》、《建设工程质量管理条例》等法律法规的强制性规定，则这种加收行为是合法的。
- 例如，合同中可以约定：“第三方同意垫付本合同项下的工程款，总包单位因提供项目管理、协调等服务，有权按照工程款的一定比例加收费用。”
总包单位提供实质性管理服务：
- 若总包单位在工程中实际提供了协调、管理、技术支持等实质性服务，其加收费用可以视为对管理成本的补偿，这种加收行为也是合法的。
- 实质性管理服务包括但不限于：制定施工计划、监督施工质量、协调各分包单位之间的工作等。
不合法情形
转包或违法分包：
- 若总包单位未实际参与工程管理，仅将工程转包给分包单位，并借助第三方垫付工程款的名义收取费用，这种行为可能构成转包，所加收的费用不合法。
- 违法分包，如分包给不具备相应资质的单位，同样会导致加收费用不合法。
加收费用无合理依据或违反法律法规：
- 若总包单位加收的费用无合理依据，如未提供实质性管理服务却加收高额费用，或者加收费用违反了相关法律法规的强制性规定（如利息过高、还款期限过长等），则这种加收行为是不合法的。
政府投资项目的特殊限制：
- 对于政府投资项目，若相关部门出台了规范性文件禁止施工单位带资承包或加收费用，则总包单位在政府投资项目中加收费用可能面临法律风险。
法律建议
明确合同条款：
- 在签订施工分包合同时，应明确约定工程款由第三方垫付的具体条款，包括垫付金额、支付方式、总包单位加收费用的比例及依据等。
- 确保合同条款不违反相关法律法规的强制性规定，以避免法律风险。
提供实质性管理服务：
- 总包单位应确保在工程中提供实质性的管理服务，以支撑其加收费用的合理性。
- 保留相关管理服务的证据，如管理计划、协调记录、技术支持文件等，以备不时之需。
关注政府投资项目的特殊规定：
- 对于政府投资项目，应特别注意遵守相关部门出台的规范性文件，避免违规加收费用带来的法律风险。
在实际操作中，若遇到相关疑问或争议，建议直接向我咨询，以确保自身权益得到妥善保护并避免潜在的法律风险。