用人单位在签订解除劳动合同协议后，一般无权以查出劳动者在职期间违规违纪为由不予支付相关款项，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：

一、协议效力优先

1. 协议内容约束：解除劳动合同协议是用人单位与劳动者就劳动关系解除事宜达成的合意，一旦签订，即对双方产生法律约束力。协议中通常会明确约定经济补偿、工资结算等事项的支付方式和时间。若协议中未提及劳动者在职期间的违规违纪问题，或明确表示双方就劳动关系解除事宜已无其他争议，那么用人单位在协议签订后以违规违纪为由不予支付相关款项，可能构成违约。

2. 诚信原则：根据《民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循诚信原则，秉持诚实，恪守承诺。用人单位在签订解除劳动合同协议后，又以劳动者在职期间违规违纪为由拒绝履行协议义务，违反了诚信原则，可能面临法律责任。

二、例外情形：劳动者存在严重违规违纪行为且协议未涵盖

1. 严重违规违纪行为：若劳动者在职期间存在严重违反用人单位规章制度、给用人单位造成重大损失等行为，且这些行为在签订解除劳动合同协议时并未被用人单位发现或考虑在内，那么用人单位在协议签订后发现这些行为，并主张不予支付相关款项，可能得到法律支持。但这一主张需要用人单位提供充分的证据证明劳动者的违规违纪行为及其造成的损失。

2. 协议未涵盖的争议：如果解除劳动合同协议中明确约定了“双方就劳动关系解除事宜已无其他争议，但劳动者在职期间的违规违纪问题除外”，或者协议内容并未涉及劳动者在职期间的违规违纪问题，且用人单位在协议签订后发现了劳动者存在严重违规违纪行为，那么用人单位可能有权以这些行为为由不予支付或要求返还部分款项。但同样，用人单位需要承担举证责任。

三、法律建议

1. 审查协议内容：对于劳动者而言，在签订解除劳动合同协议前，应仔细审查协议内容，确保协议中明确约定了经济补偿、工资结算等事项的支付方式和时间，并留意协议中是否有关“双方就劳动关系解除事宜已无其他争议”等类似表述。对于用人单位而言，同样需要审查协议内容，避免在协议中留下可能引发争议的漏洞。

2. 保留证据：无论是劳动者还是用人单位，在劳动关系存续期间及解除后，都应妥善保留与劳动关系相关的证据，如规章制度、考勤记录、工资单、违规违纪行为证据等。这些证据在可能发生的争议中可能起到关键作用。

3. 协商与诉讼：若双方在解除劳动合同协议签订后发生争议，应首先尝试通过协商解决。协商无果的，任何一方均有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，双方应充分举证、质证，以维护自己的合法权益。

如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。