当案件在法院立案后，如果双方同意进行调解并达成和解，那么可以按照以下步骤来处理：

一、达成和解协议

首先，双方需要就纠纷的具体内容、解决方案以及各自的义务和权利进行详细的协商，并达成一份书面的和解协议。这份协议应该明确、具体，包括但不限于：

• 双方的基本信息；
• 纠纷的事实和原因；
• 和解的具体内容，如赔偿金额、支付方式、履行期限等；
• 双方的权利和义务；
• 违约责任和争议解决方式。

二、向法院提交和解协议

达成和解协议后，双方应尽快将这份书面的和解协议提交给法院。这样做是为了让法院知晓双方已经和解的情况，并据此进行后续的处理。

三、法院审查和解协议

法院在收到和解协议后，会对其进行审查。审查的主要内容包括：

• 和解是否是双方自愿达成的；
• 和解协议的内容是否合法、合规；
• 和解协议是否具有可执行性。

如果法院认为和解协议既自愿又合法，且符合相关条件，那么就会根据实际情况作出相应的裁定。

四、法院作出裁定

根据和解协议的具体内容和案件的实际情况，法院可能会作出以下几种裁定：

1. 裁定终结诉讼：对于民事案件而言，如果双方和解，说明纠纷已经通过自行协商解决了，法院可能就会裁定终结诉讼，不用再继续审理。
2. 裁定终结执行程序：如果案件已经进入执行阶段，和解之后可以请求法院裁定终结执行程序。
3. 作出新裁定：在某些情况下，法院可能需要根据和解协议作出新的裁定，以明确双方的权利和义务。

五、履行和解协议

一旦和解协议生效，双方就应该按照协议去履行各自的义务。如果其中一方不履行，那么另一方就可以依据和解协议以及相关的法律规定，向法院申请强制执行。

六、注意事项

• 确保和解协议的合法性和可执行性：和解协议必须合法、合规，且具有可执行性。否则，法院可能不会认可这份协议。
• 及时与法院沟通：在达成和解协议后，双方应及时向法院提交协议，并配合法院的审查工作。
• 保存好相关证据：在和解过程中，双方应保存好与和解相关的所有证据，如书面协议、转账记录、收据等。这些证据在后续的执行或争议解决中可能会起到关键作用。

综上所述，立案后双方同意调解并达成和解时，应尽快向法院提交书面的和解协议，并配合法院的审查工作。法院会根据实际情况作出相应的裁定，以保障法律程序的规范进行和当事人的合法权益。