工程公司挂靠收取企业所得税的行为本身并不合法，且挂靠行为本身也是违法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、挂靠行为的违法性
根据《中华人民共和国建筑法》的规定，承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并且只可以在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。同时，也禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。因此，工程挂靠行为属于法律明令禁止的行为。
二、企业所得税的纳税主体与责任划分
法律层面：
- 在挂靠关系中，挂靠方作为实际施工人，是项目利润的真实获得者，应依法承担所得税纳税义务。
- 被挂靠方仅提供资质，未参与实际经营，理论上不应将挂靠收入计入自身应税所得。
实际操作中的矛盾：
- 被挂靠方常因开具发票而被迫确认收入并缴纳企业所得税，但资金实际流向挂靠方，导致税负错配。
- 若税务机关认定被挂靠方为纳税主体，可能要求其补缴税款及滞纳金；而挂靠方若未申报收入，则构成偷税漏税。
三、挂靠行为中的税务风险
被挂靠方的税务风险：
- 被挂靠方可能因无法证明资金流向而被迫承担额外的企业所得税税负。
- 若被挂靠方未按规定申报或缴纳税款，可能面临税务部门的处罚。
挂靠方的税务风险：
- 挂靠方通过虚开发票、私账转账等方式隐瞒收入，逃避个人所得税或企业所得税，构成偷税漏税行为。
- 一旦被税务机关查处，挂靠方可能面临补缴税款、滞纳金及罚款等处罚，甚至可能触犯《刑法》，面临有期徒刑及罚金等刑事责任。
四、合规建议与风险防范
杜绝挂靠行为：
- 工程公司应通过内部承包、联合体投标等合法模式进行合作，避免直接挂靠行为。
完善资金管理：
- 确保资金流向透明，保留完整财务凭证，以防范税务稽查风险。
主动纳税申报：
- 挂靠方应如实申报经营所得，避免因隐瞒收入而引发刑事责任。
法律咨询与风险评估：
- 在项目实施前进行税务合规审查，必要时聘请专业律师介入，以降低税务与法律风险。
五、法律后果
行政责任：
- 挂靠双方可能因违反相关法律法规而被处以罚款、降低资质等级甚至吊销资质证书等行政处罚。
刑事责任：
- 若涉及虚开发票、逃税等行为，可能触犯《刑法》，面临有期徒刑及罚金等刑事责任。
民事纠纷：
- 在项目质量事故或债务纠纷中，挂靠方与被挂靠方可能承担连带赔偿责任。
总结来看，工程公司挂靠收取企业所得税的行为不仅不合法，而且挂靠行为本身也违反了相关法律法规。这种行为可能导致严重的税务风险和法律后果。因此，我建议工程公司应遵守相关法律法规，通过合法模式进行合作，并主动进行纳税申报和风险防范。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。