结论：针对“烟草查处未在当地烟草专卖批发企业进货，当事人不承认是销售，是否可以撤销立案”的问题，立案后能否撤销取决于证据的充分性和违法行为的认定，当事人不承认销售行为本身并不直接导致立案撤销。以下从不同角度进行详细分析：

一、立案与撤销立案的法律依据

根据《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》第二十三条第二款，取得烟草专卖零售许可证的企业或个人，必须在当地的烟草专卖批发企业进货，并接受监督。若违反此规定，烟草专卖行政主管部门有权进行处罚，包括罚款、没收违法所得等。

关于立案与撤销立案，通常依据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定。行政机关在发现违法行为后，有权进行立案调查。若在调查过程中发现证据不足或违法行为不成立，行政机关可以依法撤销立案。但撤销立案必须基于充分的证据和合理的理由，不能仅凭当事人的单方面陈述。

二、当事人不承认销售行为的影响

1. 证据认定：

   • 当事人不承认销售行为，并不意味着违法行为不存在。行政机关在立案后，会进行调查取证，包括询问当事人、收集物证、书证等。
   • 若行政机关能够收集到充分的证据证明当事人存在未在当地烟草专卖批发企业进货的违法行为，即使当事人不承认，行政机关也可以依法进行处罚。

2. 立案撤销的可能性：

   • 当事人不承认销售行为，本身并不构成撤销立案的充分理由。行政机关在决定是否撤销立案时，会综合考虑所有证据和事实。
   • 若行政机关在调查过程中发现证据不足或违法行为不成立（例如，当事人能够提供合法有效的进货凭证），则可能会依法撤销立案。但这种情况与当事人是否承认销售行为无直接关联。

三、建议与应对措施

1. 配合调查：

   • 当事人应积极配合行政机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
   • 若当事人认为行政机关的处罚决定有误，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

2. 保留证据：

   • 当事人应保留好所有与进货相关的证据，包括进货凭证、发票、合同等。
   • 这些证据在后续的行政复议或行政诉讼中可能起到关键作用。

3. 寻求法律帮助：

   • 若当事人对法律程序或证据认定有疑问，可以寻求专业律师的帮助。
   • 律师可以提供法律咨询、代理申诉或诉讼等服务，帮助当事人维护合法权益。

四、实际案例参考

以深圳市烟草专卖局的一起处罚案例为例，当事人因未在当地烟草专卖批发企业进货而被立案处罚。尽管当事人可能不承认销售行为，但行政机关依据收集到的证据依法进行了处罚。这表明，行政机关在处罚时更注重证据的充分性和违法行为的认定，而非当事人的单方面陈述。

总结与建议：针对您的问题，立案后能否撤销取决于证据的充分性和违法行为的认定。当事人不承认销售行为本身并不直接导致立案撤销。建议您积极配合行政机关的调查工作，保留好相关证据，并在必要时寻求专业律师的帮助以维护您的合法权益。若您有任何进一步的法律问题或需要具体的法律建议，请直接向我咨询。