针对您提出的“公司指使个人虚开发票怎么处理”这一问题，这确实是一个涉及法律责任的严肃话题。虚开发票不仅违反了税收法律法规，还可能构成犯罪，对公司和个人都带来严重的后果。以下是我为您详细梳理的处理方式和相关法律责任：
一、法律责任
行政责任：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，无论是公司还是个人，虚开发票都将面临税务机关的严厉处罚。税务机关会没收违法所得，并根据虚开金额的大小，处以不同额度的罚款。虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款。
刑事责任：
- 如果虚开发票行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，将面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金。情节严重的，处罚将更为严厉，包括三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；甚至十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
- 对于虚开普通发票，情节严重的，也可能面临二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
二、处理流程
税务稽查：
- 税务机关在发现虚开发票行为后，会立即启动税务稽查程序，核实相关情况。在稽查过程中，税务机关有权要求纳税人提供相关资料和证据，以查明事实真相。
行政处罚决定：
- 经查实存在虚开发票行为的，税务机关将依法作出行政处罚决定。处罚决定可能包括没收违法所得、罚款等。对于公司指使个人虚开发票的情况，税务机关将同时对公司和个人进行处罚。
移送司法机关：
- 如果虚开发票行为涉嫌犯罪，税务机关将及时将案件移送司法机关处理。司法机关将依法对犯罪嫌疑人进行侦查、起诉和审判，追究其刑事责任。
三、后果与影响
经济损失：
- 无论是公司还是个人，因虚开发票而面临的罚款、滞纳金等经济损失都可能是巨大的。此外，还可能需要承担赔偿损失等民事责任。
信用受损：
- 虚开发票行为将被记录在个人和公司的信用记录中，对个人和公司的信用产生负面影响。这可能导致个人在贷款、求职等方面受到限制，公司也可能在融资、合作等方面遭遇困难。
法律后果：
- 虚开发票行为可能构成犯罪，导致个人面临牢狱之灾，公司也可能面临严重的法律后果。即使不构成犯罪，也会受到行政处罚，对个人声誉和职业发展、公司形象和业务运营都造成严重影响。
建议：面对公司指使个人虚开发票的情况，个人应坚决拒绝并向上级或相关部门举报。同时，公司也应加强内部管理，确保合规经营，避免涉及任何虚开发票等违法行为。如果已经发生了虚开发票的行为，应尽快主动向税务机关申报并接受处罚，以减轻可能的法律后果。