针对您提出的“个独公司虚开发票怎么处理”的问题，这是一个涉及税收违法行为的严肃话题。首先，我要明确的是，虚开发票是违反《中华人民共和国税收征收管理法》和《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规的行为，必须受到法律的制裁。

一、虚开发票的定义与后果

虚开发票，指的是在没有真实业务交易的情况下，开具与实际业务不符的发票，或者为他人、自己开具与实际经营业务情况不符的发票。这种行为不仅扰乱了税收秩序，还损害了国家的税收利益。对于虚开发票的行为，税务部门将依法进行查处，并可能涉及刑事责任。

二、个独公司虚开发票的处理流程

1. 税务稽查：

   • 税务部门在接到举报或发现异常后，会对涉嫌虚开发票的个独公司进行税务稽查。
   • 稽查过程中，税务部门会调取公司的账簿、凭证、合同等相关资料，进行详细的审查和分析。

2. 证据收集与确认：

   • 税务部门会收集足够的证据来证明公司是否存在虚开发票的行为。
   • 证据可能包括发票的开具情况、资金流向、业务合同、物流信息等。

3. 处理决定：

   • 根据稽查结果和证据收集情况，税务部门会依法作出处理决定。
   • 处理决定可能包括追缴税款、加收滞纳金、罚款等行政处罚。
   • 如果虚开发票行为构成犯罪，税务部门还会将案件移送司法机关处理。

4. 司法处理：

   • 对于构成犯罪的虚开发票行为，司法机关会依法进行审判。
   • 审判结果可能包括有期徒刑、罚金等刑事处罚。

三、具体案例参考

以您提供的两个案例为例：

1. 延边光远商贸有限公司等2户企业虚开增值税发票案件：

   • 该案件中，公司在没有真实业务情况下，通过控制外省个体工商户为自己公司虚开发票。
   • 税务部门依法追缴了税款并加收了滞纳金，同时实际控制人因犯虚开发票罪被判处有期徒刑和罚金。

2. 黄山市税务局稽查局查处的虚开增值税发票案件：

   • 该案件中，犯罪团伙虚假注册多家个体工商户，并向其实际控制的劳务公司虚开发票。
   • 税务部门依法对涉及的个体工商户处以罚款，同时犯罪团伙成员因犯虚开发票罪被判处有期徒刑和罚金。

四、建议与提醒

• 合规经营：个独公司应严格遵守税收法律法规，确保所有业务交易都有真实、合法的凭证支持。
• 加强内部管理：建立健全的财务管理制度，加强对发票开具、资金流向等关键环节的监控和管理。
• 及时自查自纠：如果发现存在虚开发票等违法行为，应立即停止并主动向税务部门报告，争取从轻或减轻处罚。

总之，虚开发票是严重的税收违法行为，个独公司应严格遵守相关法律法规，确保合规经营。如果发现存在虚开发票等违法行为，应及时向税务部门报告并配合调查处理。