房地产公司用铺子抵工程款，在符合法律规定和双方合意的情况下，是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律性质与合同效力
以物抵债协议的法律性质：
- 房地产公司用铺子抵工程款，实质上属于以物抵债的一种形式。这种协议是发包人与承包人因抵偿行为而达成意思表示一致的合同。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，以物抵债协议属于诺成合同，即只要双方就以物抵债达成合意，协议即成立，不以抵债物的交付作为成立要件。
合同效力：
- 只要以物抵债协议是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该协议就是有效的。
- 协议成立后，同时存在新旧两债。如果债务人不履行以物抵债协议，债权人既可以请求继续履行以物抵债协议，也可以请求恢复履行旧债，即要求支付工程款。
二、合法性的具体条件
双方合意：
- 房地产公司与承包人必须就以铺子抵工程款的事项达成一致意见，这是协议合法性的基础。
铺子产权清晰：
- 用于抵债的铺子必须产权清晰，没有权属争议。如果铺子存在抵押、查封等限制权利的情况，可能会影响以物抵债协议的履行。
不违反法律强制性规定：
- 以物抵债协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，不得通过以物抵债的方式逃避税收、规避法律限制等。
三、可能存在的风险与防范
铺子价值评估：
- 在签订以物抵债协议前，双方应对铺子的价值进行评估，确保铺子的价值与工程款相当。如果铺子价值低于工程款，承包人可能会遭受损失。
产权过户手续：
- 双方应按照法律规定办理铺子的产权过户手续，确保承包人能够合法取得铺子的所有权。如果未能及时办理过户手续，可能会引发产权纠纷。
后续使用与处置：
- 承包人取得铺子后，应合理规划其使用与处置方式。如果承包人计划将铺子出租或出售，应了解相关法律法规和政策要求，避免违法违规行为。
四、实际案例与启示
- 在实际案例中，曾有房地产公司因资金紧张，与承包人协商以铺子抵工程款。双方签订了以物抵债协议，并办理了铺子的产权过户手续。后来，承包人成功将铺子出租，获得了稳定的租金收入。这个案例表明，在符合法律规定和双方合意的情况下，以铺子抵工程款是可行的。
建议：如果您作为承包人面临房地产公司用铺子抵工程款的情况，建议您在签订协议前仔细评估铺子的价值、了解产权情况，并咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。