合同中规定干不够三个月扣除赔偿金的条款，通常是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
法律依据角度
《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定是保护劳动者工资报酬权的重要法律基础，意味着用人单位无权因劳动者工作未满三个月而扣除其工资或赔偿金。
《中华人民共和国劳动合同法》也强调，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬，劳动者有权依法向当地人民法院申请支付令。
特殊情况分析
尽管一般情况下，用人单位不得因劳动者工作未满三个月而扣除赔偿金，但也存在一些特殊情况需要考虑：
经济损失赔偿：如果劳动者因自身原因给用人单位造成了经济损失，且劳动合同中有相关约定，用人单位可以要求劳动者赔偿。但赔偿的扣除需遵循严格的原则，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
服务期约定：在某些情况下，如用人单位为劳动者提供了专项培训费用并约定了服务期，劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。然而，这并不等同于因工作未满三个月而扣除赔偿金。
应对措施建议
面对合同中规定干不够三个月扣除赔偿金的条款，劳动者可以采取以下措施维护自己的权益：
与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行协商，明确表达自己的立场和诉求，要求用人单位遵守相关法律法规，不得因工作未满三个月而扣除赔偿金。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门将依法对用人单位进行调查和处理，保护劳动者的合法权益。
提起劳动仲裁或诉讼：若投诉仍无法解决问题，劳动者可以选择提起劳动仲裁或诉讼。通过法律程序，劳动者可以要求用人单位承担法律责任，并追回被扣除的赔偿金。
总结：合同中规定干不够三个月扣除赔偿金的条款，通常是不合法的。劳动者在遭遇此类情况时，应积极采取措施维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。