设置具有建设工程施工总承包和水利水电施工总承包资质是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、资质设置的合法性基础
法律法规依据：
- 根据我国相关法律法规，企业可以根据自身业务需求和资质条件，申请并取得多个类别的施工总承包资质。建设工程施工总承包资质和水利水电施工总承包资质分别属于不同的专业类别，企业同时具备这两种资质并不违反法律规定。
资质管理原则：
- 资质管理旨在确保施工企业具备相应的技术能力和管理水平，以保障工程质量安全。企业同时具备多种施工总承包资质，意味着其能够在更广泛的领域内提供专业服务，这符合资质管理的初衷。
二、同时具备两种资质的实际意义
业务范围拓展：
- 企业同时具备建设工程施工总承包和水利水电施工总承包资质，可以承接更多类型的工程项目，从而拓展业务范围，提高市场竞争力。
专业能力提升：
- 不同类别的施工总承包资质对应不同的专业技术和施工要求。企业同时具备两种资质，意味着其在技术和施工方面具备更全面的能力，有助于提升整体专业水平。
三、资质申请与管理的注意事项
资质申请条件：
- 企业在申请建设工程施工总承包和水利水电施工总承包资质时，需满足各自类别的资质标准，包括企业资产、专业技术人员、技术装备和已完成的工程业绩等方面的要求。
资质动态管理：
- 取得资质后，企业需按照相关规定进行资质动态管理，包括人员配备、业绩积累、技术更新等方面的持续符合。若企业资质条件发生变化，需及时办理资质变更或注销手续。
合规经营：
- 企业在承接工程项目时，需确保所承接的项目与其资质类别和等级相匹配。超范围承接项目或出借、转让资质等行为均属违法，将受到法律制裁。
四、法律后果与风险提示
合法经营的益处：
- 企业合法同时具备多种施工总承包资质，有助于提升企业形象和信誉度，增强客户信任，从而为企业带来更多商业机会。
违法行为的后果：
- 若企业违反资质管理规定，如超范围承接项目、出借或转让资质等，将面临行政处罚、信用惩戒等法律后果，严重时甚至可能被吊销资质证书，影响企业生存和发展。
建议：企业在申请和管理施工总承包资质时，应严格遵守相关法律法规和资质管理规定，确保合法合规经营。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。