结论：在事实不清、证据不足的情况下，工伤认定机构可以不认定工伤，但这并非绝对，需结合具体情况综合判断。
分析：
证据在工伤认定中的关键作用：
- 工伤认定通常需要满足工作时间、工作场所、因工作原因等核心要素。证据是证明这些要素存在与否的关键。若事实不清、证据不足，工伤认定机构在审查时可能会面临困难，从而倾向于不认定工伤。
间接证据的可能性：
- 尽管直接证据缺失，但若有目击证人、单位考勤记录、工作安排等间接证据，能够证明劳动者在工作相关时间和地点遭受事故伤害，那么工伤认定机构仍有可能认定为工伤。这些间接证据可以构成一个相对完整的证据链，支持工伤认定的结论。
完全无工作相关迹象或线索的情况：
- 如果完全没有任何与工作相关的迹象或线索，如无目击证人、无考勤记录、无工作安排等，那么认定工伤将会存在较大困难。在这种情况下，工伤认定机构可能会因为缺乏足够证据而不认定工伤。
工伤认定机构的综合判断：
- 工伤认定并非仅依据证据的充分性，还会结合具体情况进行综合判断。例如，劳动者的工作性质、工作环境、事故发生的经过等，都可能成为影响工伤认定结论的因素。因此，即使证据不足，工伤认定机构也可能根据具体情况作出认定工伤的决定。
法律建议：
- 尽可能收集证据：在申请工伤认定前，劳动者应尽可能收集与工伤相关的证据，如医疗记录、目击证人证言、考勤记录等。这些证据将有助于支持工伤认定的申请。
- 及时申请工伤认定：一旦发生工伤事故，劳动者应及时向用人单位报告，并尽快向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。逾期申请可能会影响工伤认定的结果。
- 寻求法律援助：如果劳动者在工伤认定过程中遇到困难或疑问，可以寻求专业律师的法律援助。律师将能够提供专业的法律意见和帮助，维护劳动者的合法权益。
可能后果：
- 不认定工伤的后果：如果工伤认定机构不认定工伤，劳动者将无法享受工伤保险待遇，如医疗费用报销、伤残津贴等。这可能会给劳动者带来经济上的压力和生活上的困难。
- 申请行政复议或提起行政诉讼的途径：如果劳动者对工伤认定结论不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。通过法律途径维护自己的合法权益。
如有任何关于工伤认定的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。