核心结论：针对超标准发放值班费、超范围发放加班费的问题，需根据具体情况采取整改、追回、完善制度或承担法律责任等措施。以下是具体分析：

1. 合规性审查与整改
   首先需核查发放行为是否违反法律法规或单位内部规章制度。若值班费、加班费的发放标准或范围超出法定或约定范围（如超过当地政府规定的加班费计算基数、未遵循“不定时工作制”无需支付加班费的规定等），单位应立即停止违规发放行为，并调整至合法标准。例如，若值班费按日工资的300%发放但无明确依据，需降至法定或合同约定比例。

2. 多付费用的追回与处理
   若已超额发放，单位可与员工协商退还多付部分。协商不成时，需区分情况处理：

   • 员工明知违规仍接受：若员工知晓发放标准违法仍领取，单位可要求返还，但需注意证据留存（如签字确认的发放表、制度告知记录等）；
     
   • 员工无过错：若员工对违规发放不知情（如单位未公示制度），单位可能难以强制追回，但可通过调整后续发放标准弥补损失。
     注：追回过程中需避免侵犯员工权益（如扣发工资、威胁解雇等），否则可能引发劳动争议。

3. 制度完善与风险防范
   单位应修订值班、加班管理制度，明确发放标准、审批流程及责任主体。例如：

   • 制定《值班费管理办法》，规定不同岗位、时段的发放标准；
     
   • 建立加班审批制度，要求员工提交加班申请并经部门负责人签字确认；
     
   • 定期审计费用发放情况，确保合规性。
     同时，需通过培训、公示等方式确保员工知晓制度内容，避免因信息不对称导致纠纷。

4. 法律责任承担
   若违规发放行为被劳动监察部门查处，单位可能面临以下后果：

   • 行政处罚：责令限期整改，逾期不改的处以罚款；
     
   • 经济赔偿：若员工因此解除劳动合同，单位需支付经济补偿金；
     
   • 税务风险：超额发放部分若被认定为“福利费”超标，可能需补缴企业所得税。
     此外，若单位通过虚报人数、伪造记录等方式套取费用，还可能涉及刑事责任（如职务侵占罪）。

建议行动步骤：

1. 立即停止违规发放行为；
   
2. 核查已发放记录，评估追回可能性；
   
3. 修订制度并组织员工培训；
   
4. 咨询劳动监察部门或律师，确保整改方案合法。
   

如有进一步疑问（如具体地区标准、追回程序等），可直接向我咨询，我将结合您所在地的法规提供详细方案。