在面临公司违法行为但无法直接证明劳动关系的情况下，您仍然可以通过收集其他相关证据来申请劳动仲裁。以下是一个清晰、详细且有深度的解答流程：

一、收集证据

尽管无法直接证明劳动关系，但您仍可以收集多种间接证据来支持您的仲裁请求。这些证据包括但不限于：

1. 工资支付记录：如银行转账记录、工资条等，这些能体现您与公司之间的经济往来。
2. 社保缴纳记录：如果公司为您缴纳了社会保险，相关的缴纳记录也是有力的证据。
3. 工作证、服务证：这些证件能证明您在公司中的身份。
4. 招工登记表、报名表：如果您在入职时填写了这些表格，它们也能作为证据。
5. 考勤记录：如打卡记录、签到表等，能反映您的出勤情况。
6. 其他劳动者证言：如果有同事愿意为您作证，他们的证言也是非常有价值的。
7. 业务合同、派工单、出差证据：这些与工作直接相关的证据也能帮助证明您与公司之间的劳动关系。

二、准备仲裁申请材料

在收集好证据后，您需要准备以下仲裁申请材料：

1. 仲裁申请书：详细写明双方的信息、您的仲裁请求以及事实和理由。
2. 申请人身份证明及复印件：如身份证、户口本等。
3. 被申请人工商注册信息资料：这可以通过国家企业信用信息公示系统等渠道获取。

三、提交仲裁申请

将准备好的仲裁申请材料提交给有管辖权的劳动争议仲裁委员会。这通常是合同履行地或单位所在地的劳动争议仲裁委员会。提交申请后，仲裁委员会会在规定时间内决定是否受理您的申请。

四、仲裁过程与结果

1. 仲裁委受理：一旦仲裁委受理了您的申请，它会开始审查双方提供的证据。
2. 证据审查：仲裁委将重点审查您提供的证据是否能形成完整的链条，以证明您与公司之间存在劳动关系。
3. 仲裁结果：如果您的证据足够充分，能够证明您与公司之间的劳动关系，并且您的仲裁请求（如支付工资、经济补偿等）合理合法，那么仲裁委可能会支持您的请求。

示例情况

以小朱的情况为例，他在某公司工作数月但未签订劳动合同，离职后公司拒绝支付剩余工资。小朱虽然无法直接证明与公司存在劳动关系，但他收集了工资支付记录、工作证以及同事小李的证言等证据，并向公司所在地的劳动争议仲裁委员会提交了申请。最终，如果小朱的证据能形成完整链条，证明与公司存在劳动关系，他的仲裁请求（如要求公司支付工资）可能会得到仲裁委的支持。

总结与建议

在无法直接证明劳动关系的情况下申请劳动仲裁，关键在于收集足够充分且能形成完整证据链的间接证据。同时，准备好仲裁申请材料并按照规定流程提交申请也是非常重要的。如果您在仲裁过程中遇到任何困难或疑问，不妨咨询专业的劳动法律师或寻求相关法律援助机构的帮助。