结论是，离婚时男方不要抚养费，后面补的电子版协议在符合法律规定的情况下是有效的。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议的有效性
意思表示真实：
- 协议的有效性首先要求双方的意思表示真实，即双方是在自愿、平等、公平的基础上达成的协议，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响。如果男方在离婚时明确表示不要抚养费，但后来双方又通过协商达成了新的抚养费支付协议，且该协议是双方真实意思的表示，那么该协议就是有效的。
内容合法：
- 协议的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。在抚养费协议中，应明确抚养费的支付方式、支付时间、支付金额等关键条款，且这些条款应符合法律规定。
形式合法：
- 虽然电子版协议在形式上与传统纸质协议有所不同，但根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，只要电子版协议能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用，且双方均认可其效力，那么该电子版协议就具有法律效力。因此，您提到的电子版抚养费协议，在符合上述条件的情况下，是有效的。
二、电子版协议的特殊考虑
证据效力：
- 电子版协议作为证据使用时，可能需要通过一定的技术手段进行验证，以确保其真实性和完整性。例如，可以通过时间戳、数字签名等技术手段来证明协议的形成时间和双方的身份。
保存与备份：
- 由于电子版协议易于复制和修改，因此双方应妥善保存原始协议，并考虑进行备份。在发生争议时，能够提供完整的、未经篡改的协议文本对于维护自身权益至关重要。
三、后续行动建议
明确协议条款：
- 如果双方已经达成了电子版抚养费协议，建议进一步明确协议中的各项条款，包括抚养费的支付方式、支付时间、支付金额以及违约责任等。这有助于减少后续争议的发生。
考虑公证或律师见证：
- 为了增强协议的法律效力，双方可以考虑将协议进行公证或由律师进行见证。公证和律师见证可以提供额外的法律保障，确保协议的真实性和合法性。
及时履行协议：
- 双方应按照协议约定的内容和时间及时履行各自的义务。如果一方未能按照协议履行义务，另一方可以依法追究其违约责任。
最后需要提醒的是，虽然电子版协议在符合法律规定的情况下是有效的，但为了避免后续争议和麻烦，建议双方在签订协议时尽可能采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。如果您在签订或履行抚养费协议过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。