上级领导以规定为借口扣员工工资，这一行为是否合法需分情况讨论：

1. 若公司规定合法且合理，且扣款有明确依据：

   • 首先，要确认公司是否有明确的规章制度，并且这些规章制度是否经过了合法的民主程序制定（如职工代表大会讨论、协商等），以及是否已经向员工进行了公示或告知。如果公司规定合法且合理，比如针对迟到、早退、旷工等违纪行为有明确的扣款标准，并且这些标准不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准、加班工资支付等），那么公司依据这些规定扣款可能是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

2. 若公司规定不合法或不合理，或扣款无明确依据：

   • 如果公司规定本身不合法（如违反最低工资标准、加班工资支付等法律法规的强制性规定），或者规定虽然合法但不合理（如扣款标准过高，远超过实际损失），或者公司没有明确的规章制度作为扣款依据，只是以“规定”为借口随意扣款，那么这种行为就是不合法的。
   • 法律后果：根据《中华人民共和国劳动法》第九十一条，用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的。因此，如果公司以不合法或不合理的规定为借口扣员工工资，员工有权向劳动行政部门投诉，要求公司支付被扣的工资，并可能获得赔偿金。

针对您的情况，我给出以下建议：

• 核实公司规定：首先，您需要核实公司是否有明确的规章制度，并且这些规章制度是否经过了合法的民主程序制定和公示。如果公司没有明确的规章制度，或者规章制度不合法、不合理，那么公司扣款的行为就是不合法的。
• 与公司沟通：如果公司规定合法且合理，但您认为扣款不合理或存在争议，您可以与公司进行沟通，了解扣款的具体原因和依据，并尝试协商解决。
• 向劳动行政部门投诉：如果公司扣款的行为不合法，或者您与公司沟通无果，您可以向当地的劳动行政部门投诉，要求公司支付被扣的工资，并可能获得赔偿金。
• 寻求法律援助：如果您在处理这个问题过程中遇到困难或需要进一步的法律帮助，您可以咨询专业的劳动纠纷律师，如我本人，我将根据您的具体情况提供法律建议和帮助。

最后，需要强调的是，员工有权获得合法的劳动报酬，公司不得以不合法或不合理的规定为借口扣员工工资。如果您遇到这种情况，请勇敢地维护自己的合法权益。