发生劳动争议时，劳动者应针对与其存在劳动关系的公司提起劳动仲裁。具体分析如下：

一. 劳动关系是劳动仲裁的基础

• 劳动仲裁的前提是存在劳动关系。在一个地址注册两个公司，且法人也不同的情况下，员工虽然可能是同一批，但他们与每个公司之间的劳动关系是独立的。
• 因此，在发生劳动争议时，劳动者需要明确自己是与哪个公司存在劳动关系，并针对该公司提起劳动仲裁。

二. 确定劳动关系的依据

• 劳动者可以通过查看劳动合同、工资支付记录、社保缴纳记录等证据来确定自己与哪个公司存在劳动关系。
• 如果劳动合同明确指明了用人单位，那么劳动者就应根据劳动合同来确定仲裁对象。
• 如果劳动合同不明确或未签订，劳动者可以依据工资支付记录、社保缴纳记录等其他证据来推断劳动关系。

三. 提起劳动仲裁的程序

• 根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动者需要在劳动争议发生之日起一年内，向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。
• 申请书中应明确仲裁请求和所根据的事实、理由，并提供相关证据材料。
• 劳动争议仲裁委员会在收到申请后，会进行审查，并在规定时间内作出是否受理的决定。

四. 仲裁结果及后续处理

• 如果仲裁申请被受理，劳动争议仲裁委员会将组成仲裁庭进行审理，并作出裁决。
• 劳动者对裁决结果不服的，可以在规定时间内向人民法院提起诉讼。
• 如果仲裁申请未被受理，劳动者可以根据仲裁委员会的指引进行补正或寻求其他救济途径。

我建议：在提起劳动仲裁前，劳动者应仔细收集并整理好相关证据，以确保自己的仲裁请求能够得到支持。同时，也要注意仲裁时效的规定，避免错过申请仲裁的最佳时机。如有进一步需要，您可以继续咨询我。