针对两个企业有相同股东时发生劳动纠纷如何进行劳动仲裁起诉及相关法律依据的问题，以下是详细解答：

1. 核心结论：劳动仲裁起诉不受股东相同影响，但需注意主体资格与证据收集
   即使两家企业有相同股东，劳动仲裁的起诉仍需以实际用工单位为被申请人，股东相同本身不改变劳动关系归属。但需特别注意区分劳动关系主体、收集关键证据，并可能涉及关联企业连带责任问题。

2. 具体操作步骤与法律依据

   • 第一步：确认劳动关系主体
     根据《劳动争议调解仲裁法》第二十二条，劳动仲裁的被申请人应为与劳动者建立劳动关系的用人单位。若劳动者与A公司签订劳动合同、由A公司发放工资并缴纳社保，即使A公司与B公司有相同股东，仲裁被申请人仍应为A公司。
     例外情形：若能证明两家企业存在人格混同（如财务、业务、人员高度混同），可依据《公司法》第二十条第三款要求股东或关联企业承担连带责任，此时可将两家企业列为共同被申请人。

   • 第二步：收集关键证据
     需证明劳动关系存在及具体用工单位，包括：

     • 劳动合同（明确用人单位名称）；
       
     • 工资发放记录（银行流水需显示付款方名称）；
       
     • 社保缴纳记录（显示缴费单位）；
       
     • 工作证、考勤记录、工作邮件等（需体现用人单位标识）；
       
     • 若涉及关联企业混同，需收集财务往来凭证、办公场所混用证据等。

   • 第三步：提交仲裁申请
     根据《劳动争议调解仲裁法》第二十八条，需向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交书面申请，载明：

     • 劳动者与用人单位信息；
       
     • 仲裁请求（如支付工资、经济补偿等）；
       
     • 事实与理由（需说明劳动关系主体及纠纷经过）；
       
     • 证据清单。

3. 特殊情形处理：关联企业连带责任
   若能证明两家企业存在以下情形，可主张连带责任：

   • 财产混同：如共用银行账户、资金随意调拨；
     
   • 业务混同：如经营范围高度重叠、业务无明确区分；
     
   • 人员混同：如高管、财务人员交叉任职；
     
   • 场所混同：如共用办公场地、设备。
     法律依据：《公司法》第二十条第三款：“公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。”

4. 实务建议

   • 优先以劳动合同、工资发放记录等明确用人单位；
     
   • 若怀疑关联企业混同，尽早委托律师调查取证（如申请法院调取银行流水、工商档案）；
     
   • 仲裁阶段可一并主张关联企业连带责任，避免后续诉讼成本。

如有进一步疑问或需协助准备仲裁材料，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供详细方案。