合作社违法时，既可能处罚合作社本身，也可能处罚负责人，具体取决于违法行为的性质和情节。以下是详细分析：

1. 处罚合作社的情况
   当合作社作为独立法人主体实施违法行为时（如超范围经营、虚假宣传、未依法履行年报义务等），行政机关通常会对合作社本身进行处罚，包括警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿、吊销营业执照等。例如，合作社未按规定公示年度报告，可能被市场监管部门列入经营异常名录并罚款。

2. 处罚负责人的情况
   若违法行为直接由负责人（如理事长、法定代表人）实施或因负责人故意、重大过失导致（如挪用资金、虚假出资、签发空头支票等），除对合作社处罚外，还可能追究负责人的个人责任。处罚形式包括罚款、没收违法所得、行政拘留（如违反治安管理），甚至刑事责任（如构成职务侵占罪、挪用资金罪等）。例如，负责人利用职务便利侵占合作社财产，可能被追究刑事责任。

3. 同时处罚合作社与负责人的情况
   若违法行为涉及合作社与负责人的共同过错（如负责人指使员工伪造账目、合作社与负责人共同逃税），行政机关或司法机关可能对双方同时处罚。例如，合作社虚开发票且负责人直接参与，税务机关可对合作社罚款，同时对负责人处以罚款或移送公安机关。

建议：若合作社或负责人面临处罚风险，需立即梳理违法行为性质、证据及责任主体，必要时通过法律程序争取减轻处罚或免责。如有具体案件，可直接向我咨询，我会结合案情提供详细应对方案。