合作社违反“三资”管理条例，一般由农业农村部门或农村集体资产管理部门负责处理，具体需结合违规情形和地方规定判断。以下是详细分析：

1. 农业农村部门（或农村集体资产管理部门）的职责
   “三资”管理（资金、资产、资源）通常由农业农村部门或地方设立的农村集体资产管理部门主导监管。若合作社的违规行为涉及财务不规范（如挪用资金、账目不清）、资产处置违规（如未经审批转让集体资产）或资源使用违法（如违规占用集体土地），这些部门有权调查、责令整改，并可能联合纪检监察部门追责。

2. 其他可能介入的部门

   • 市场监管部门：若合作社存在虚假登记、超范围经营等市场主体登记问题，市场监管部门可依据《市场主体登记管理条例》处罚。
     
   • 审计部门：若违规涉及财务造假、审计不通过，审计机关可要求合作社整改，并移交线索至纪检监察或司法机关。
     
   • 纪检监察机关：若违规行为涉及公职人员贪腐、滥用职权（如村干部与合作社勾结侵占集体资产），纪检监察机关将介入调查，追究相关人员责任。
     
   • 公安机关：若违规行为涉嫌犯罪（如诈骗、职务侵占、非法转让土地使用权），公安机关会立案侦查，追究刑事责任。

3. 地方性规定的差异
   部分地区可能设立专门的“农村集体三资监管服务中心”或“农村经济管理站”，直接负责合作社三资问题的查处。建议根据合作社所在地，查询当地《农村集体“三资”管理办法》或咨询农业农村部门，明确具体监管主体。

行动建议：
若发现合作社违规，可按以下步骤处理：

1. 收集证据（如财务凭证、合同、会议记录等）；
   
2. 向当地农业农村部门或农村集体资产管理部门举报；
   
3. 若涉及刑事犯罪，直接向公安机关报案；
   
4. 同步咨询律师，评估违规性质及法律风险，制定维权策略。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体情形。