结论：公司因员工在厕所抽烟而进行考核是否违法，需视具体情况而定，不能一概而论。

分析过程

1. 公司规章制度的角度：

   • 如果公司有明确的规章制度，规定在工作场所（包括厕所）禁止吸烟，并且该规章制度已经通过合法程序（如职工代表大会讨论、公示等）制定并告知了员工，那么公司依据此规章制度对员工进行考核（如扣分、罚款等）通常是合法的。
   • 规章制度是公司管理员工的重要依据，只要其内容合法、程序正当，且已告知员工，就可以作为公司对员工进行管理的依据。

2. 劳动法的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位有权制定合理的规章制度来规范员工的行为。但是，这些规章制度不得违反法律、法规的规定，也不得侵犯员工的合法权益。
   • 如果公司的考核措施过于严厉，如罚款金额过高、扣分过多导致员工权益受损，或者考核措施本身缺乏合理性、公正性，那么员工有权提出异议，并可以通过法律途径维护自己的权益。

3. 具体情境的考量：

   • 还需要考虑员工抽烟的具体情境。如果员工是在非工作时间、非工作场所的厕所抽烟，且该行为并未对公司造成实质性损害，那么公司以此为由进行考核可能缺乏合理性。
   • 另外，如果公司对员工进行考核时未遵循正当程序，如未事先告知员工考核标准、未给予员工申辩机会等，那么该考核行为也可能被视为违法。

法律建议

• 对于公司：在制定和执行规章制度时，应确保其内容合法、程序正当，并已充分告知员工。同时，在考核员工时应遵循公正、合理的原则，避免过度惩罚或侵犯员工权益。
• 对于员工：如果认为公司的考核行为违法或不合理，可以与公司进行沟通协商，要求公司撤销或改正不合理的考核决定。如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。

总结：公司因员工在厕所抽烟而进行考核是否违法，需结合公司的规章制度、劳动法的相关规定以及具体情境进行综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。