法院在执行过程中，有权依法扣划公司账户中用于支付农民工工资的款项，但需严格遵循法定程序与条件，确保不侵犯农民工合法权益。 以下从不同角度为您详细分析：

1. 法院执行权的法律依据

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院在执行生效法律文书时，有权对被执行人的财产采取查封、扣押、冻结、划拨等措施。若公司被判定需支付债务（如工程款、货款等），且未主动履行，法院可依法扣划其账户资金用于清偿债务。但需注意：若账户资金明确属于农民工工资专用账户，或能证明资金用途为支付农民工工资，法院通常不会直接扣划，因这涉及农民工生存权益的保护。

2. 农民工工资的特殊保护

根据《保障农民工工资支付条例》及《国务院办公厅关于全面治理拖欠农民工工资问题的意见》，农民工工资具有优先受偿权。具体表现为：

• 专用账户制度：施工总承包单位需开设农民工工资专用账户，专项用于支付工资，该账户资金不得因其他债务被查封、冻结或划拨。
• 优先支付顺序：在破产清算或执行程序中，农民工工资优先于普通债权受偿。

若法院拟扣划公司资金，需先核查资金性质：若资金已明确划入专用账户或能证明为工资款，法院不得扣划；若资金混同于公司其他账户，且无法区分用途，法院可能依法扣划，但农民工可通过执行异议程序主张权利。

3. 农民工的救济途径

若法院扣划了本应支付给农民工的工资，农民工可采取以下措施：

• 提出执行异议：向执行法院提交书面异议，附上工资发放记录、劳动合同等证据，证明被扣划资金属于工资款。
• 申请执行异议之诉：若异议被驳回，可在15日内向法院提起诉讼，通过司法程序确认工资优先权。
• 向劳动监察部门投诉：同时可向当地劳动保障监察机构举报公司拖欠工资行为，要求行政干预。

4. 公司的合规建议

为避免工资被误扣，公司应：

• 严格区分账户：将农民工工资与其他资金分账管理，确保专用账户资金专款专用。
• 留存证据：保存工资发放记录、劳动合同、考勤表等材料，以备执行阶段证明资金用途。
• 主动履行义务：在收到法院执行通知后，优先支付农民工工资，避免因消极履行导致资金被扣划。

总结

法院执行时并非“无权”扣划公司资金，但需以不损害农民工合法权益为前提。若资金确属工资款，农民工可通过法律程序主张权利；公司亦应通过合规管理降低风险。如有具体案件或证据材料，建议直接向我咨询，以便进一步分析。