员工每个月工资分两种方式发放，在符合相关法律法规和双方约定的情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款强调了工资的支付周期和支付方式，但并未明确规定工资必须一次性支付完毕。
2. 《工资支付暂行规定》第七条：工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。这表明，只要用人单位与劳动者有约定，且不低于每月一次的支付频率，工资可以分期支付。

二、合法性分析

1. 合同约定：如果用人单位与员工在劳动合同中明确约定了工资分两次发放，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种发放方式是合法的。例如，双方可以约定每月某日发放基本工资，另一日发放绩效奖金或其他补贴。
2. 实际执行：在实际操作中，用人单位需要确保每次发放的工资数额清晰明了，避免产生纠纷。同时，应按时足额支付工资，不得克扣或无故拖欠。如果用人单位未按照约定时间或数额支付工资，可能构成违法行为。
3. 税务合规：无论工资是一次性还是分次发放，用人单位都需要依法代扣代缴个人所得税等税费。如果分次发放导致税务处理不当（如逃避纳税义务），则可能构成违法行为。

三、注意事项

1. 保障员工知情权：分次发放前需向员工说明原因、时间及金额构成，避免因信息不对称引发误解。用人单位可以通过书面通知、员工手册或劳动合同等方式进行明确。
2. 确保及时足额支付：每次发放均需满足最低工资标准，且累计金额不得低于合同约定数额。如果用人单位因资金问题无法按时足额支付工资，应及时与员工沟通并协商解决方案。
3. 完善内部管理：将分次发放规则写入劳动合同或规章制度，并通过民主程序公示确认。这有助于规范用人单位的工资支付行为，减少劳动纠纷的发生。

四、可能的风险与后果

如果用人单位未经员工同意擅自改变工资发放方式，或者未按照约定时间或数额支付工资，可能面临以下风险与后果：

1. 劳动纠纷：员工可能因此向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼，要求用人单位支付拖欠的工资及经济补偿。
2. 行政处罚：劳动保障行政部门可能对用人单位进行责令限期支付工资报酬、加付赔偿金等行政处罚。
3. 声誉损害：用人单位的行为可能损害其声誉和形象，影响其与员工的信任关系和业务合作。

建议：作为用人单位，在决定采用分次发放工资的方式时，应确保与员工进行充分沟通并达成一致意见。同时，应建立完善的工资管理制度和内部监督机制，确保工资支付的合法性和规范性。如果员工对此有疑问或担忧，可以直接向我咨询相关法律问题。