父亲在世时签订的建房纠纷协议，过世后是否生效，需依据协议的具体内容来判断。以下是从不同角度进行的分析：
协议的一般生效原则：
- 依法成立的合同，自成立时即具有法律效力。若该建房纠纷协议不存在违反法律法规强制性规定、损害国家利益、以合法形式掩盖非法目的、恶意串通损害他人利益等无效情形，并且双方未约定附生效期限或条件，那么该协议在父亲过世后一般仍然有效，对其继承人有约束力。继承人需按照协议继续履行相关义务，比如继续完成建房、支付相关费用或承担违约责任等。
附条件或附期限的协议：
- 如果协议是附条件或附期限生效的，那么需要等到条件成就或期限届至时，协议才生效。例如，协议可能约定父亲完成某项任务（如获得建房许可）后协议才生效。若父亲过世时该任务未完成，且协议未对继承人继续履行该条件作出约定，则协议在父亲过世时可能不生效。
协议中约定的特殊条款：
- 有些协议可能会明确约定一方去世协议即失效。在这种情况下，父亲过世后，该协议便不再具有效力。这通常取决于协议双方在签订时的具体约定和意图。
法律建议：
- 在处理此类问题时，建议首先仔细审查协议的具体条款，特别是关于生效条件、期限以及一方去世后协议效力的约定。
- 如果协议内容存在模糊或不明确之处，建议咨询专业律师进行解读和评估，以确保自身权益得到妥善保护。
- 若协议对继承人有约束力，继承人应按照协议继续履行相关义务，避免因违约而承担法律责任。
可能的法律后果：
- 如果协议在父亲过世后仍然有效，且继承人不履行协议义务，可能会面临违约责任，包括支付违约金、赔偿损失等。
- 如果协议因特定条件未成就或期限未届至而未生效，或者因协议中明确约定一方去世协议即失效而不再具有效力，那么继承人则无需继续履行协议义务。
综上所述，判断父亲在世时签订的建房纠纷协议在过世后是否生效，需综合考量协议的具体条款和性质。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。