二级残疾员工在上班时考勤可以请假，但需遵循法定及公司规定的请假流程与条件。具体分析如下：

1. 法定权利保障
   根据《残疾人保障法》第三十条，国家保障残疾人劳动权利，禁止基于残疾的歧视。若员工因残疾导致无法正常出勤（如医疗需要、康复治疗等），其请假权利受法律保护。但需注意，请假需提供合理依据（如医疗机构证明），且请假事由应与残疾状况直接相关。

2. 公司制度约束
   若公司规章制度明确规定了请假流程（如提前申请、审批权限等），二级残疾员工需遵守。但根据《劳动合同法》第四条，公司规章制度需经民主程序制定并公示，否则对员工无约束力。若公司制度存在歧视性条款（如限制残疾员工请假），则可能因违法而无效。

3. 特殊情形处理

   • 医疗期：若残疾员工因病情需要停工治疗，可依据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》享受医疗期，期间公司不得解除劳动合同。
     
   • 工时调整：根据《残疾人就业条例》，用人单位应为残疾员工提供合理便利，如调整工时、岗位等。若请假需求可通过工时调整解决，公司应优先协商调整而非直接拒绝请假。

建议行动：

• 提前与公司沟通请假事由，提供医疗机构证明；
  
• 核查公司规章制度是否合法合规；
  
• 若公司拒绝合理请假请求，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

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