农民与另一方签订的永久性占地协议，在大多数情况下是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：

1. 法律对土地使用期限的规定

根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规，农村土地（包括宅基地和耕地）的使用权是有期限限制的，并非可以永久性占用。土地使用权的期限通常由法律、法规或合同约定，但“永久性”这一表述明显超出了法律规定的合理期限范围。因此，从法律条文的角度来看，永久性占地协议缺乏法律依据。

2. 土地用途与规划的限制

农村土地的使用需符合土地利用总体规划和城乡规划。即使双方签订了占地协议，如果该协议违反了土地用途管制制度或城乡规划要求，那么该协议也是无效的。例如，将耕地用于非农业建设，或者将宅基地用于商业开发等，都可能因违反规划而无效。永久性占地协议往往难以符合这些规划要求，因此其合法性存疑。

3. 协议内容的合法性与公平性

一份合法的土地使用协议应当明确双方的权利义务、使用期限、费用支付等关键条款。永久性占地协议由于期限过长，可能涉及未来不可预见的风险和变化，如土地政策调整、土地价值变动等。这些因素可能导致协议内容显失公平，从而影响其合法性。此外，如果协议中存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议也是可撤销的。

4. 实际操作中的风险

即使双方签订了永久性占地协议，在实际操作中也可能面临诸多风险。例如，土地所有权人或使用权人可能因各种原因（如继承、赠与、买卖等）发生变更，导致原协议无法继续履行。此外，如果协议内容违反了法律法规或政策要求，那么相关行政部门可能介入调查并要求整改或撤销协议。

建议与风险提示

• 审查协议内容：在签订任何土地使用协议前，务必仔细审查协议内容，确保其符合法律法规和政策要求。
• 咨询专业人士：由于土地法律问题复杂多变，建议咨询专业律师或土地管理部门以获取准确信息。
• 避免永久性条款：在协议中应避免使用“永久性”等绝对化表述，而是根据实际情况约定合理的使用期限。
• 注意风险防控：在签订协议时，应充分考虑未来可能出现的风险和变化，并在协议中约定相应的风险防控措施。

如有任何关于农村土地或宅基地的法律问题，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。