确认程序违法但不予撤销，意味着虽然行政确认行为在程序上存在违法行为，但出于公共利益、当事人权益保护或其他特定考虑，行政机关或法院决定不撤销该行政确认行为。下面我将对此进行详细分析：
一. 程序违法与撤销的关系
- 一般情况：根据行政法的基本原则，行政行为若违反法定程序，通常应被撤销或宣告无效，以确保行政行为的合法性和公正性。
- 特殊情况：然而，在某些特殊情况下，即使行政行为程序违法，也可能因其涉及公共利益、当事人已实际享受权益、撤销将造成更大损失等原因，而不被撤销。
二. 不予撤销的法律依据与考量因素
- 法律依据：虽然《中华人民共和国行政处罚法》等法律法规强调了行政行为的合法性，但并未绝对规定所有程序违法的行政行为都必须撤销。行政机关或法院在决定是否撤销时，会综合考虑多种因素。
- 考量因素：
- 公共利益：若撤销该行政确认行为将严重损害公共利益，如影响社会稳定、经济发展等，则可能不予撤销。
- 当事人权益：若当事人已基于该行政确认行为获得了实际权益，且撤销将对其造成重大损失，也可能不予撤销。
- 撤销的成本与效益：若撤销所需成本过高，且撤销后带来的效益不明显，则可能选择不予撤销。
三. 实例说明
- 例如，某行政机关在未经听证程序的情况下，向某企业颁发了经营许可证。后来，该行政行为被确认为程序违法。但考虑到该企业已基于该许可证进行了大量投资，且撤销许可证将对其造成巨大损失，同时也会影响当地经济发展，因此，行政机关或法院可能决定不予撤销该许可证。
综上所述，确认程序违法但不予撤销是一种在特殊情况下对行政行为合法性原则的灵活应用。在决定是否撤销时，行政机关或法院会综合考虑公共利益、当事人权益以及撤销的成本与效益等多种因素。如有进一步需要，您可以继续咨询我。