当施工单位对报审材料（这里假设报审材料涉及的是与结算、审计等相关的文件或结果）不认可时，可以采取以下步骤来妥善处理这一问题：
一、明确不认可的具体内容与依据
首先，施工单位需要详细、具体地指出不认可报审材料的哪些部分，以及不认可的理由和依据。这可能包括但不限于：审计结果与实际施工情况不符、审计方法或标准存在争议、报审材料中的数据或信息有误等。明确问题所在是解决问题的第一步。
二、与建设单位进行沟通协商
在明确不认可的具体内容后，施工单位应主动与建设单位进行沟通，表达自己的观点和诉求。通过协商，双方可以尝试达成共识，对报审材料进行修正或补充，以消除争议。沟通协商是解决争议的最直接、最有效的方式之一。
三、考虑通过法律途径解决
如果沟通协商无法达成一致，施工单位可以考虑通过法律途径来解决争议。具体来说，可以采取以下两种方式：
民事诉讼：施工单位可以向人民法院提起诉讼，要求法院对报审材料的真实性、合法性进行审查，并作出公正的判决。在诉讼过程中，施工单位需要提供充分的证据来支持自己的观点。
仲裁：如果双方在合同中约定了仲裁条款，或者事后达成了仲裁协议，施工单位可以向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁是一种相对快速、灵活的争议解决方式，其裁决结果具有法律效力。
四、从合同法公平原则角度寻求调整
在提起诉讼或仲裁时，施工单位可以从合同法的公平原则角度出发，主张虽然合同约定以审计结果为准，但如果有证据证明审计结果与事实不符，那么法院或仲裁机构应当对审计结果进行调整。这要求施工单位提供充分的证据来证明审计结果的不合理性。
五、注意政府投资项目的特殊性
如果涉及的是政府投资或以政府投资为主的建设项目，施工单位需要特别注意审计机关的审计监督职能。在这种情况下，尽管施工单位对审计结果不认可，也不能随意反对，而是必须通过一定的复杂程序进行质疑和反对。这包括向审计机关提出书面异议、要求审计机关进行复核等。
六、保持专业态度与合规操作
在整个处理过程中，施工单位应保持专业态度，遵守相关法律法规和合同约定，确保自己的行为合法合规。同时，施工单位也应积极配合建设单位和审计机关的工作，提供必要的资料和协助，以促进问题的顺利解决。
综上所述，当施工单位对报审材料不认可时，应通过明确问题、沟通协商、法律途径解决、从合同法公平原则角度寻求调整、注意政府投资项目的特殊性以及保持专业态度与合规操作等步骤来妥善处理这一问题。