当施工方不认可时，建设单位或相关方可以采取以下措施来处理：
核查合同条款：
- 首先，应详细审查双方签订的合同，特别是关于结算方式、流程以及争议解决机制的条款。合同是双方行为的基础和准则，明确合同中的约定对于后续处理争议至关重要。
收集并整理结算依据：
- 整理所有与结算相关的证据，包括但不限于竣工图纸、签证单、工程量清单、往来函件等。这些证据应能充分证明结算金额的合理性和准确性，是后续协商或法律程序中的重要支撑。
主动协商解决：
- 在收集到充分证据后，应主动与施工方进行沟通，阐述结算依据的合理性和准确性，争取通过协商达成一致。协商过程中，应保持冷静和理性，避免情绪化，以寻求双方都能接受的解决方案。
共同委托第三方鉴定：
- 如果协商无果，双方可以共同委托有资质的第三方机构进行结算鉴定。第三方机构的专业性和中立性有助于更公正地解决争议。鉴定结果应作为双方结算的依据，但需注意，如果任何一方对鉴定结果仍有异议，可以进一步采取法律措施。
通过法律途径解决：
- 如果对鉴定结果仍有异议，或者双方无法就共同委托鉴定达成一致，可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径来解决争议。在诉讼或仲裁过程中，应充分举证证明己方结算主张的合理性，并遵循法定程序进行。
- 诉讼流程：向法院提起诉讼，提交起诉状及相关证据材料。法院将依法审理案件，并作出判决。如果施工方不履行判决，可以申请强制执行。
- 仲裁流程：如果合同中约定了仲裁条款，可以向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁裁决具有终局性，对双方均有约束力。
注意诉讼时效和程序合规性：
- 在整个处理过程中，应特别注意诉讼时效的问题，确保在法定的期限内提起诉讼或仲裁。同时，应严格遵守法定程序，确保自身权益得到最大程度的维护。
在处理此类争议时，还需注意以下几点：
- 保持沟通：尽管存在争议，但双方仍应保持沟通渠道的畅通，以便及时交换意见和信息。
- 避免冲突升级：在处理争议过程中，应避免采取过激行为或言语攻击，以免冲突升级导致更严重的后果。
- 寻求专业帮助：如果争议复杂或难以处理，可以寻求专业律师或咨询机构的帮助，以获取更专业的法律意见和建议。
针对不同情况的具体建议：
- 如果施工方不认可的是结算金额，但合同中有明确的结算方式和标准，那么应依据合同进行结算，并通过协商或法律途径解决争议。
- 如果施工方不认可的是工程质量或进度等问题导致的结算争议，那么应首先解决工程质量或进度问题，再依据合同进行结算。
- 如果双方对合同条款本身存在争议，那么可能需要通过法律途径来解释或修改合同条款。
最后，需要强调的是，在处理施工方不认可的争议时，应始终保持冷静和理性，遵循法定程序和合同约定，以寻求公正、合理的解决方案。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。