被行政拘留时，公司扣除员工工龄工资一般是不合法的，但需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：

1. 一般情况下的不合法性

行政拘留是一种行政处罚措施，它并非劳动者自身原因导致的缺勤，而是因被依法采取的行政强制措施。根据相关法律法规，劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但行政拘留并不属于劳动者自身原因导致的缺勤或经济损失，因此，在一般情况下，用人单位不得因员工被行政拘留而扣发其工资，包括工龄工资。

2. 劳动合同有明确约定的情况

如果用人单位在劳动合同中有明确约定，因员工被行政拘留等原因可扣发工资（包括工龄工资）的条款，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在这种情况下扣工资可能是合法的。但需要注意的是，这种约定必须明确、具体，并且不违反法律法规的强制性规定。如果约定模糊或违反法律法规，那么该约定将是无效的，用人单位不得据此扣发工资。

3. 法律建议

• 对于员工：如果公司因您被行政拘留而扣发了工龄工资，您首先应查看劳动合同中是否有相关约定。如果没有约定或约定不明确，您可以与公司协商要求补发工资。如果协商无果，您可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 对于公司：公司在制定劳动合同和规章制度时，应明确工资发放的相关规定，并确保这些规定不违反法律法规的强制性规定。如果公司因员工被行政拘留而扣发工资，应确保有明确的合同约定或规章制度作为依据，否则可能面临法律风险。

4. 可能的法律后果

如果公司无正当理由扣发员工工资（包括工龄工资），员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。一旦查实，劳动监察部门或劳动仲裁机构可能会要求公司补发工资，并可能对公司处以罚款等行政处罚。

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