法院在适用地方规章规定时，应当对其进行合法性审查。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、合法性审查的法律依据

根据《中华人民共和国立法法》及相关司法解释，法院在审理案件时，对于适用的法律、法规、规章等规范性文件，都有义务进行合法性审查。这是确保法律适用统一、公正的重要环节。地方规章作为地方性法规的一种，其制定和实施同样需要遵循上位法的规定，不得与宪法、法律、行政法规相抵触。因此，法院在适用地方规章时，必须对其进行合法性审查，以确保其符合上位法的规定。

二、合法性审查的必要性

1. 维护法律统一：通过合法性审查，可以确保地方规章与上位法保持一致，避免出现法律冲突和适用混乱的情况。这有助于维护国家法制的统一和尊严。
2. 保护当事人权益：合法性审查可以防止因地方规章的违法性而损害当事人的合法权益。如果地方规章存在违法情形，法院在适用时应当不予采纳，从而保护当事人的合法权益不受侵害。
3. 促进依法行政：对地方规章进行合法性审查，可以促使地方政府在制定规章时更加谨慎、规范，避免违法违规行为的发生。这有助于推动依法行政，提高政府公信力。

三、合法性审查的具体内容

法院在进行合法性审查时，主要审查以下内容：

1. 制定主体是否合法：审查地方规章的制定主体是否具备制定规章的权限和资格。
2. 制定程序是否合法：审查地方规章的制定程序是否符合法定要求，如是否经过公开征求意见、专家论证等程序。
3. 内容是否合法：审查地方规章的内容是否与上位法相抵触，是否违反法律、行政法规的强制性规定。
4. 是否超越权限：审查地方规章是否超越了制定主体的权限范围，如是否涉及了应由中央立法的事项。

四、合法性审查的实践应用

在司法实践中，法院在适用地方规章时，通常会结合具体案情进行合法性审查。如果发现地方规章存在违法情形，法院可能会采取以下措施：

1. 不予适用：对于违法的地方规章，法院在审理案件时可能会不予适用，而是依据上位法或其他合法有效的规范性文件进行裁判。
2. 提出司法建议：法院可以向制定地方规章的机关提出司法建议，建议其修改或废止违法的地方规章。
3. 层报有权机关处理：对于严重违法的地方规章，法院还可以层报有权机关进行处理，如提请上级法院或相关立法机关进行审查。

五、特殊情况下的处理

在某些特殊情况下，如地方规章与上位法不存在直接冲突，但存在模糊或不明确之处时，法院可能会结合立法目的、政策导向等因素进行综合判断。然而，这并不意味着法院可以忽视合法性审查的原则。相反，在这种情况下，法院更应当谨慎行使自由裁量权，确保裁判结果的合法性和合理性。

总结与建议：

法院在适用地方规章规定时，应当对其进行合法性审查。这是确保法律适用统一、公正的重要环节。如果你在司法行政领域遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，为你提供专业的法律意见。