非法经营罪中的非法所得，通常是指通过非法经营行为所获取的全部收益，一般是不会扣除成本的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律原则与规定

在法律领域中，对于非法经营罪的违法所得是否扣除成本，有着明确的原则和规定。非法经营行为本身就是违法的，其目的就是为了获取经济利益。因此，从法律原则的角度来看，不能以扣除成本为由来减轻其违法性。如果允许扣除成本，可能会导致一些不法分子以成本核算为由，逃避法律的制裁，从而使非法经营行为得不到有效的遏制。

二、具体案例与解释

以某商家从事未经许可的药品销售活动为例，其获得的销售款项即为违法所得。即便在销售过程中存在一定的成本支出，如进货成本等，但这些成本并不能从违法所得中扣除。这是因为，这些成本是商家为了实施非法经营行为而必须承担的，属于犯罪成本的一部分。犯罪成本应该被视作为实施犯罪行为的必要工具或者是为犯罪行为做准备的物资，因此在计算违法所得时，不应该对其进行扣减。

三、法律后果与目的

规定非法经营罪的违法所得不扣除成本，其目的在于严厉打击非法经营行为，维护市场秩序和公共利益。非法经营行为不仅扰乱了市场秩序，还可能对消费者的健康和安全造成威胁。因此，法律对非法经营行为采取了严厉的打击措施，包括追缴违法所得、没收违法财物、处以罚金等。如果允许扣除成本，就会削弱法律的打击力度，无法有效遏制非法经营行为的发生。

四、不同观点与讨论

虽然主流观点认为非法经营罪的违法所得不应扣除成本，但也存在少数不同的看法。有观点认为，违法所得应扣除用于违法行为的正当开支。然而，这种观点并未得到广泛认可。在司法实践中，法院通常遵循不扣除成本的原则来计算非法经营罪的违法所得。

总结与建议：

非法经营罪中的非法所得通常不会扣除成本。这是为了严厉打击非法经营行为，维护市场秩序和公共利益。如果您或您身边的人涉及非法经营罪的相关问题，建议及时咨询专业律师（即向我咨询），以便更好地了解法律后果和应对策略。