劳动者在与母子公司均签有劳动合同且存在混同用工的情况下，可以选择以母公司作为劳动仲裁的被申请人。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律关系的认定

在母子公司混同用工的情境下，劳动者与母公司、子公司之间可能同时存在劳动关系。根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关司法解释，劳动者有权选择与其建立劳动关系的用人单位作为劳动仲裁的被申请人。若劳动者与母公司签订了劳动合同，且实际工作也受母公司管理、指挥，那么劳动者选择母公司作为被申请人是有法律依据的。

二、混同用工的影响

混同用工通常指的是母子公司或关联公司之间在用工上存在交叉、重叠的情况，这可能导致劳动者在劳动关系上的归属变得模糊。然而，从法律角度来看，只要劳动者能够证明其与某一公司存在事实上的劳动关系（如通过工资发放记录、工作证、考勤记录等证据），就可以选择该公司作为劳动仲裁的被申请人。

三、选择母公司的考量因素

1. 合同签订情况：如果劳动者与母公司签订了劳动合同，且合同中明确约定了劳动者的工作岗位、工作地点、工资待遇等关键条款，那么选择母公司作为被申请人将更为直接和明确。

2. 实际工作情况：如果劳动者实际上是在母公司的安排下进行工作，接受母公司的管理和指挥，那么选择母公司作为被申请人也更为合理。

3. 证据收集难度：在选择被申请人时，劳动者还需要考虑证据收集的难度。如果与母公司相关的证据更为充分和易于收集，那么选择母公司作为被申请人将更有利于维护自己的合法权益。

四、可能面临的法律后果及建议

1. 若选择母公司作为被申请人：劳动者需要准备充分的证据来证明其与母公司存在劳动关系，以及母公司存在违法用工等行为。如果证据充分，劳动仲裁机构可能会裁决母公司承担相应的法律责任。

2. 若同时起诉母公司和子公司：在某些情况下，劳动者可能会选择同时起诉母公司和子公司。这虽然增加了诉讼的复杂性，但也可能为劳动者争取到更多的权益保障。不过，在这种情况下，劳动者需要更加谨慎地准备证据和论证自己的主张。

建议：

• 在选择被申请人前，劳动者应尽可能收集与母公司、子公司相关的证据，如劳动合同、工资发放记录、工作证、考勤记录等。
• 劳动者可以咨询专业律师，根据自己的具体情况和证据情况，选择最合适的被申请人。
• 在劳动仲裁过程中，劳动者应积极配合劳动仲裁机构的工作，如实陈述事实和提供证据。

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