发工资时扣除城市基金是否合法，需分情况讨论：
若城市基金属于法定扣除项目：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在支付劳动者工资时，应依法扣除社会保险费、个人所得税等法定项目。若城市基金是当地政府依法设立并要求用人单位代扣代缴的，如某些地区为支持城市基础设施建设或公共服务而设立的专项基金，且该扣除有明确的法律依据和地方性法规支持，那么这种扣除是合法的。
- 法律依据：需查阅当地关于城市基金设立及扣除的具体法规或规章，确认其合法性。
若城市基金不属于法定扣除项目：
- 如果城市基金并非基于法律、行政法规的明确规定而设立，或者用人单位在未经劳动者同意的情况下擅自扣除，那么这种扣除行为可能构成违法。劳动者有权要求用人单位返还被扣除的款项，并可能依据《中华人民共和国劳动合同法》等相关规定，主张用人单位承担相应的法律责任。
- 法律后果：用人单位可能面临劳动行政部门的处罚，包括但不限于警告、罚款等；同时，劳动者也有权通过劳动仲裁或诉讼途径维护自己的合法权益。
针对您的情况，我建议：
- 核实扣除依据：首先，您应核实用人单位扣除城市基金的具体依据，包括是否基于法律、行政法规的明确规定，以及是否有地方性法规或政府文件作为支持。
- 与用人单位沟通：如果扣除依据不明确或您认为扣除不合理，可以与用人单位进行沟通，要求其提供扣除的合法依据，并协商解决。
- 寻求法律援助：如果沟通无果，您可以向当地劳动行政部门投诉，或者咨询专业律师（比如我），通过法律途径维护自己的合法权益。
最后，工资福利问题关乎劳动者的切身利益，任何未经法定程序的扣除都可能损害劳动者的合法权益。因此，在面对类似问题时，请务必保持警惕，及时核实并维护自己的权益。如果您有任何关于劳动工伤（工资福利）方面的法律问题，都可以直接向我咨询。