结论：运输公司与司机签订合作协议而非雇佣合同的情况下，是否需要缴纳社保需根据双方实际法律关系判断，具体分为以下两种情形：

1. 若双方构成劳动关系，则必须缴纳社保

根据《劳动法》《社会保险法》规定，只要存在事实劳动关系，用人单位就必须为劳动者缴纳社保，与合同名称无关。判断是否构成劳动关系需综合以下要素：

• 人身从属性：司机是否接受运输公司的日常管理（如排班、考勤、路线安排等）；
• 经济从属性：司机收入是否由运输公司统一核算并支付（如固定工资、提成等）；
• 组织从属性：司机是否以运输公司名义对外提供服务（如车辆标识、工牌等）。

典型情形：若司机需遵守公司规章制度、接受公司调度、收入由公司按月结算，即使合同名为“合作协议”，仍可能被认定为劳动关系，此时公司必须缴纳社保。

2. 若双方构成民事合作关系，则无需缴纳社保

若司机与运输公司为平等主体间的民事合作，且符合以下特征，则不构成劳动关系，无需缴纳社保：

• 自主经营：司机自行安排工作时间、路线，自行承担运营成本（如油费、过路费）；
• 收入独立：司机按运输次数或里程结算费用，无固定工资或底薪；
• 风险自担：司机自行承担运输过程中的风险（如事故赔偿、车辆维修）。

典型情形：若司机使用自有车辆、自行承接运输任务、仅通过平台与运输公司结算费用，且公司不干预其具体运营，则可能被认定为合作关系，此时无需缴纳社保。

实务建议

1. 合同名称≠法律性质：即使签订“合作协议”，若实际符合劳动关系特征，仍可能被劳动部门或法院认定为劳动关系，建议公司规范用工管理。
2. 风险防范：若希望避免劳动关系，需在协议中明确双方权利义务（如费用结算方式、管理边界），并保留实际履行证据（如派单记录、费用明细）。
3. 司机权益：若司机希望获得社保保障，可要求公司签订劳动合同或通过其他途径（如灵活就业社保）自行参保。

提示：社保缴纳问题涉及劳动者基本权益，建议双方根据实际合作模式审慎设计协议条款。如有具体案例或合同文本，可直接向我提供细节，我将进一步分析法律风险。