制造企业偶尔开具运费发票，在符合税法规定和业务实质的前提下是合法的。具体分析如下：

1. 业务真实性是核心前提
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。制造企业若实际发生了运输业务（如销售货物时的送货服务、采购原材料的运输等），且运输服务由企业自行承担或委托第三方完成，则可依法向客户或供应商开具/收取运费发票。
   例如：企业销售一批机器设备，委托物流公司运输至客户指定地点，支付运费后取得物流公司开具的运费发票（进项），同时向客户收取运费时需开具销项发票。此场景下，开具运费发票完全合法。

2. 需避免的违法风险点

   • 虚开发票：若企业未实际发生运输业务，仅为了“冲成本”“套现”等目的开具运费发票，属于《刑法》第二百零五条规定的“虚开增值税专用发票罪”，最高可处无期徒刑。
     
   • 税率适用错误：运输服务适用9%的增值税税率（一般纳税人），若企业误按13%（货物销售）或其他税率开具，可能面临税务机关调整并补缴税款。
     
   • 主体资格问题：若企业未办理“道路运输经营许可证”（从事运输业务需），但频繁开具运费发票，可能被认定为“超范围经营”，面临行政处罚。

3. 合规建议

   • 留存业务证据：运输合同、物流单、付款凭证等需完整保存，证明业务真实性。
     
   • 区分业务类型：若运输服务由第三方完成，企业应取得第三方开具的合法发票，再向客户转开时需注明“代开”或按“转包”处理；若企业自有车辆运输，需确保车辆产权、运输路线等与业务匹配。
     
   • 定期自查：建议企业每季度核对运费发票与实际业务的一致性，避免因疏忽引发税务风险。

总结：制造企业偶尔开具运费发票本身不违法，但必须以真实业务为基础，严格遵守发票管理、税法及行业资质要求。如有具体业务场景需进一步分析，可直接向我提问。