在建工程能否和所在土地分开拍卖，需视具体情况而定，一般而言，二者在法律上可视为独立物权，存在分开拍卖的可能性，但实践中需考虑多种因素。以下从不同角度进行分析：
一、法律层面分析
物权独立性：
- 在建工程与土地使用权在法律上通常被视为两个独立的物权。土地使用权属于用益物权，而在建工程则属于建筑物所有权的一部分，尽管其尚未完工。
- 根据《民法典》及相关物权法规，物权人有权对其拥有的物权进行处分，包括拍卖。因此，从法律原理上讲，在建工程和土地使用权可以分开进行拍卖。
拍卖法规：
- 拍卖活动需遵循《拍卖法》等相关法律法规。这些法规并未明确禁止在建工程与土地使用权的分开拍卖，但要求拍卖活动必须合法、公正、公开，并保护各方当事人的合法权益。
- 在实际操作中，需确保拍卖程序符合法律规定，避免因程序瑕疵导致拍卖无效或引发法律纠纷。
二、实践层面分析
债权债务关系：
- 在建工程往往涉及复杂的债权债务关系，如工程款支付、抵押权设立等。若分开拍卖，需妥善处理这些债权债务关系，确保拍卖不会损害相关债权人的利益。
- 例如，若在建工程已设定抵押权，则抵押权人在拍卖过程中享有优先受偿权。此时，需与抵押权人协商，确定拍卖方案，以保障其合法权益。
市场接受度：
- 分开拍卖在建工程和土地使用权可能影响市场接受度。潜在买家可能更倾向于购买整体项目，以获得更完整的开发权和收益权。
- 因此，在决定分开拍卖前，需进行充分的市场调研，评估分开拍卖的可行性和市场反应。
政策限制：
- 某些地区或行业可能存在政策限制，禁止或限制在建工程与土地使用权的分开拍卖。例如，为保障城市规划的实施和土地资源的合理利用，政府可能出台相关政策进行规范。
- 在进行拍卖前，需了解并遵守当地政策规定，避免因违反政策而引发法律风险。
三、法律建议
全面评估：
- 在决定是否分开拍卖在建工程和土地使用权前，应进行全面评估，包括法律风险、市场接受度、债权债务关系等方面。
协商与沟通：
- 与相关债权人、抵押权人等进行充分协商和沟通，确保拍卖方案得到各方认可和支持。
遵守法律程序：
- 严格按照法律规定和拍卖程序进行操作，确保拍卖活动的合法性和有效性。
寻求专业支持：
- 在拍卖过程中，可寻求专业律师或拍卖机构的支持，以确保拍卖活动的顺利进行和各方权益的保障。
如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律意见。