土地使用权可以与在建工程分离单独作为项目公司的出资，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律层面的可行性
土地使用权作为出资的合法性：
- 根据《公司法》及相关规定，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。因此，土地使用权作为出资方式在法律上是可行的。
在建工程与土地使用权的分离性：
- 在建工程与土地使用权在法律上是可以分离的。土地使用权是独立的物权，而在建工程则是基于土地使用权上的建设行为产生的债权或物权（取决于建设阶段和法律规定）。因此，理论上土地使用权可以单独作为出资，而不必将在建工程一并纳入。
二、实际操作中的注意事项
土地使用权权属清晰：
- 用于出资的土地使用权必须权属清晰，无争议。如果土地使用权存在纠纷或权属不明，将影响其作为出资的有效性。
评估作价：
- 土地使用权作为非货币财产出资，需要进行评估作价。评估应公正、准确，以反映土地使用权的真实价值。评估结果将作为出资额的依据。
办理权属转移手续：
- 土地使用权作为出资后，需要办理权属转移手续，将土地使用权从出资人名下转移至项目公司名下。这是确保项目公司合法拥有土地使用权的关键步骤。
在建工程的处理：
- 如果在建工程不作为出资部分，需要明确其归属和处理方式。这可能涉及与承包商、供应商等第三方的协商和安排。
三、可能面临的法律风险及防范
法律风险：
- 如果土地使用权存在瑕疵（如未缴纳土地出让金、未办理规划许可等），可能导致出资无效或项目公司面临法律纠纷。
- 在建工程与土地使用权的分离可能导致项目公司无法顺利完成建设或面临其他运营障碍。
风险防范：
- 在出资前进行充分的尽职调查，确保土地使用权权属清晰、无争议，并符合相关规划要求。
- 签订详细的出资协议，明确土地使用权和在建工程的归属、处理方式及违约责任等条款。
- 咨询专业律师或法律机构，确保出资行为符合法律规定并有效防范法律风险。
四、实例说明
假设某开发商拥有一块土地使用权，并计划在该土地上建设一个商业项目。为了筹集资金，开发商考虑将土地使用权单独作为出资，与另一家投资者共同设立项目公司。在这种情况下，开发商需要确保土地使用权权属清晰、无争议，并进行评估作价。同时，双方需要签订详细的出资协议，明确土地使用权的归属、处理方式及项目公司的运营管理等事项。通过这样的安排，开发商可以成功地将土地使用权单独作为出资，实现项目的顺利推进。
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