三方协议中一方收款、另一方开票，在符合特定条件时是有效的。具体分析如下：

1. 合同相对性原则与三方协议的特殊性
   根据《民法典》第四百六十五条，合同效力原则上仅约束签订方。但在三方协议中，若各方明确约定了收款与开票的分离安排（例如：A方收款，B方开票，C方为实际服务/货物提供方），且该约定不违反法律强制性规定（如虚开发票、偷逃税款等），则该安排具有法律效力。
   关键点：需在协议中明确约定三方权利义务，避免因约定不明导致纠纷。

2. 税务合规性要求
   根据《发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务的单位/个人应向付款方开具发票。若三方协议中开票方（B方）并非实际收款方（A方），需满足以下条件之一：

   • B方为实际服务/货物提供方，且A方代收款项后已全额转付给B方；
     
   • 三方存在委托收款/开票的合法约定（如委托付款协议），且税务机关认可该模式。
     风险点：若B方未实际提供服务却开具发票，可能构成“虚开发票”，面临行政处罚甚至刑事责任。

3. 实务操作建议

   • 协议条款设计：明确约定三方身份（收款方、开票方、实际服务方）、资金流向、发票类型及税款承担方式；
     
   • 资金与发票匹配：确保开票金额与实际交易金额一致，避免“票货分离”；
     
   • 税务备案：部分地区税务机关可能要求三方协议备案，建议提前咨询当地税务局。

总结：三方协议中收款与开票分离的安排需同时满足合同约定明确、税务合规两个条件。若您正在起草或审查此类协议，建议提供具体条款内容，我可进一步协助分析风险点。