设施农用地在被查处期间一般不能进行备案。以下从不同角度进行分析：

1. 查处期间的法律状态：设施农用地在被查处期间，通常意味着该用地行为存在涉嫌违法违规的情形，例如未按照规定办理用地手续、超出批准范围使用土地、改变土地用途等。在查处过程中，相关部门会对该用地的合法性进行调查和认定。在此期间，土地的使用状态处于不确定和待审查的状态，不符合备案所要求的合法、合规的前提条件。
2. 备案的目的和要求：备案的目的是为了对设施农用地的使用情况进行登记和管理，确保其符合法律法规和政策要求。备案要求申请人提供真实、准确、完整的资料，证明其用地行为合法合规。而在被查处期间，由于用地行为存在违法违规的嫌疑，无法提供符合备案要求的资料，因此不能进行备案。
3. 相关法律法规的规定：根据《中华人民共和国土地管理法》《中华人民共和国土地管理法实施条例》等相关法律法规，对于违法违规用地行为，相关部门会依法进行查处，包括责令停止违法行为、限期改正、罚款等。在查处期间，会暂停相关用地手续的办理，以保障查处工作的顺利进行和法律责任的明确。

建议：如果设施农用地正在被查处，用地单位或个人应积极配合相关部门的调查工作，按照要求提供相关资料和说明情况。在查处结果明确后，如果用地行为被认定为合法合规，再按照规定办理备案手续；如果被认定为违法违规，应依法接受处罚并采取相应的整改措施。

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