在不确定是由A还是B承担用工主体责任的情况下，一般不可以同时起诉两者，但可以通过特定法律程序来明确责任主体。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律程序上的考量
明确被告的重要性：
- 在民事诉讼中，被告必须是明确且具体的。如果同时起诉A和B，而法院最终认定只有一方应承担责任，那么对另一方的起诉可能被视为不当，甚至可能导致诉讼的浪费或混乱。
诉前准备与证据收集：
- 在提起诉讼前，应尽可能收集证据以明确责任主体。这包括但不限于劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等。通过充分准备，可以更准确地确定被告。
利用诉前调解或仲裁：
- 在某些情况下，可以通过诉前调解或仲裁程序来明确责任主体。这些程序通常更为灵活和高效，有助于在诉讼前解决争议。
二、实际操作中的建议
分步起诉策略：
- 如果确实无法确定责任主体，可以考虑先起诉一个被告（如基于初步证据认为更有可能承担责任的主体），并在诉讼过程中根据新发现的证据或法院的建议，再决定是否追加被告或变更诉讼请求。
申请法院调查取证：
- 在诉讼过程中，如果发现关键证据由另一方掌握，且该证据对明确责任主体至关重要，可以向法院申请调查取证。法院有权要求相关方提供证据，或自行调查取证。
考虑共同诉讼或第三人参加诉讼：
- 如果A和B之间存在某种法律关系（如关联企业、共同侵权等），且这种关系对明确责任主体有影响，可以考虑将两者作为共同被告起诉，或申请第三人参加诉讼。但这种情况需要具体分析，并非所有情况下都适用。
三、法律后果与风险提示
诉讼风险：
- 同时起诉A和B可能增加诉讼的复杂性和不确定性。如果法院最终认定只有一方应承担责任，那么对另一方的起诉可能被驳回，导致诉讼成本的浪费。
证据收集的重要性：
- 无论选择哪种策略，证据收集都是关键。缺乏充分证据可能导致诉讼失败或责任主体无法明确。
法律咨询与代理：
- 在处理此类复杂案件时，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，有助于更有效地维护权益。
总结与建议：在不确定是由A还是B承担用工主体责任的情况下，不建议同时起诉两者。相反，应通过充分准备证据、利用诉前调解或仲裁程序、分步起诉策略等方式来明确责任主体。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。