在建设工程主体结构出现质量问题，且承包人抗辩不排除发包人责任时，举证责任的分配一般遵循“谁主张，谁举证”的原则，但在特定情况下可能存在举证责任倒置或证明标准降低的情形。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：“谁主张，谁举证”
在建设工程纠纷中，举证责任通常遵循“谁主张，谁举证”的原则。这意味着，如果发包人主张承包人应对主体结构的质量问题负责，那么发包人需要承担以下三个环节的举证责任：
- 工程质量存在问题：发包人需要证明主体结构确实存在质量问题，这通常通过质量检验报告、验收记录等证据来证明。
- 问题由承包人造成：发包人需要证明质量问题是由承包人的施工行为或管理不善等原因造成的，而非其他因素（如设计缺陷、材料问题等）。
- 实际损失：发包人还需要证明因质量问题给自己造成了实际损失，如修复费用、工期延误损失等。
二、特定情况下的举证责任倒置或证明标准降低
尽管“谁主张，谁举证”是一般原则，但在建设工程主体结构质量问题的纠纷中，由于工程已经实际投入使用，质量问题的成因可能复杂化，且无法再做原因鉴定，因此发包人要证明质量问题的成因往往非常困难。在这种情况下，法院可能会根据具体情况，将举证责任“倒置”给承包人，或者显著降低发包人对于质量问题成因部分的证明标准。
- 举证责任倒置：部分法院可能会要求承包人证明该质量问题并非其施工原因引起。如果承包人无法提供充分证据证明这一点，那么法院可能会认定承包人对质量问题负有责任。
- 证明标准降低：在事实真伪不明的情况下，法院可能会酌定当事人对质量问题平均承担责任，或者根据其他证据和情况来推断责任归属。
三、法律背景与建议
- 法律背景：根据《建筑法》第五十八条的规定，建筑施工企业对工程的施工质量负责。这意味着，在正常情况下，承包人应对其施工的建设工程质量负责。然而，在特定情况下，如发包人擅自使用工程后主张质量问题，或者质量问题成因复杂难以鉴定时，举证责任的分配可能会发生变化。
- 法律建议：
- 发包人：在主张承包人应对主体结构质量问题负责时，应尽可能收集并保存相关证据，如质量检验报告、验收记录、施工记录等。同时，应考虑与承包人进行协商，寻求和解或调解的可能性，以降低诉讼成本和风险。
- 承包人：在抗辩不排除发包人责任时，应积极提供证据证明质量问题并非由其施工原因引起。这可能包括施工记录、监理日志、材料检验报告等。同时，承包人也可以考虑与发包人进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
四、可能的法律后果
- 如果发包人能够充分举证：那么法院可能会认定承包人对质量问题负有责任，并判决承包人承担相应的修复费用、工期延误损失等。
- 如果承包人能够成功抗辩：或者法院认为发包人未能充分举证，那么法院可能会驳回发包人的诉讼请求，或者判决双方平均承担责任。
在处理此类纠纷时，建议双方尽可能通过协商、调解等方式解决争议，以降低诉讼成本和风险。如果无法达成和解，那么应及时寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。