关于工程质量不合格的举证责任，这确实是一个在建设工程领域中经常遇到的问题。以下是我根据您的咨询，结合相关法律法规和司法实践，给出的详细解答：

核心结论：工程质量不合格的举证责任，主要根据工程是否已验收以及工程的具体状况来确定。

1. 已完工程：

   • 发包人擅自使用：若建设工程虽未竣工验收但发包人擅自使用后，发包人以建设工程质量不符合合同约定或者法律规定为由拒付工程价款或主张质量缺陷责任的，人民法院一般不予支持，但发包人有证据证明地基基础工程和主体结构工程存在重大质量问题的除外。
   • 完工未使用：若建设工程完工后尚未进行竣工验收且发包人未擅自使用的，承包人请求发包人支付工程价款时，若发包人以建设工程质量不符合合同约定或者法律规定为由拒绝支付工程款，则需要发包人举证证明因承包人原因导致工程尚未进行竣工验收或申请司法鉴定确认建设工程质量不合格。

2. 未完工程：

   • 在未完工程的情况下，若发包人认为工程质量不合格，通常应当承担举证证明责任。这是因为未完工程尚未经过验收，其质量状况尚未得到最终确认，因此发包人需要承担证明工程质量不合格的责任。
   • 若未完工程交由第三方施工，则应当由发包方证明该部分工程质量不合格，以确保其主张的合理性。

综上所述，工程质量不合格的举证责任并非一成不变，而是根据工程的具体状况（如是否已验收、是否由第三方施工等）来灵活确定。在实际操作中，建议双方根据合同约定和实际情况，合理分担举证责任，以确保纠纷得到公正、合理的解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。