针对您提出的“合同挂靠无效分包单位怎么办”的问题，我将结合相关法律法规和实际操作，为您提供一个清晰、详细且有深度的解答。
首先，我们需要明确的是，当合同挂靠被认定无效时，双方需要依据法律规定进行一系列的处理。这主要包括财产返还、折价补偿、过错赔偿以及可能的行政处罚等环节。
一、财产返还
合同无效后，双方应相互返还依据合同取得的财产。例如，如果挂靠方支付了管理费给被挂靠方，而被挂靠方提供了资质证书给挂靠方，那么双方应相互返还这些财产。如果无法返还或者没必要返还，如资质证书已被使用且产生了收益，那么应按价补偿。
二、折价补偿
若因使用资质证书等已产生一定收益，且无法返还资质证书等实物，那么实际使用方（如挂靠方）应按一定标准对提供方（如被挂靠方）进行折价补偿。这通常涉及到对收益的评估和补偿标准的确定。
三、过错赔偿
因挂靠导致合同无效，有过错的一方应赔偿对方由此所受到的损失。如果双方都有过错，那么应当各自承担相应的责任。例如，如果被挂靠方明知挂靠违法仍提供资质，而挂靠方为承接项目主动寻求挂靠，那么双方都应承担一定的责任。损失赔偿额应相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益。
四、行政处罚
除了民事赔偿外，相关行政部门还可能对涉事单位给予行政处罚。这包括罚款、责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等。这些处罚旨在维护市场秩序和保障工程质量。
五、具体操作建议
收集证据：首先，双方应收集与合同挂靠相关的所有证据，包括合同文本、付款记录、资质证书、工程验收报告等。这些证据将有助于后续的处理和争议解决。
协商解决：在收集到足够证据后，双方可以尝试通过协商解决争议。这可以节省时间和成本，并有助于维护双方的关系。
法律途径：如果协商无果，双方可以寻求法律途径解决争议。这包括向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。在法律程序中，双方应充分展示自己的证据和理由，以争取最有利的结果。
遵守法律：在整个处理过程中，双方都应遵守法律法规和道德规范。不得采取恶意串通、损害他人利益等违法行为。
综上所述，当合同挂靠被认定无效时，分包单位应依据法律规定进行财产返还、折价补偿、过错赔偿等处理，并可能面临行政处罚。建议双方在处理过程中保持冷静和理性，通过协商或法律途径解决争议，并遵守相关法律法规和道德规范。