第二次合同未到期变更主体，并不直接等同于签订了第三次合同。这一结论主要基于以下几点法律分析和实务判断：

一、合同变更与合同续签的法律性质

1. 合同变更：指的是在合同履行过程中，双方协商一致对合同的部分条款进行修改或补充。这种变更通常不涉及合同主体的根本性变化，而是对合同内容（如期限、报酬、工作地点等）的调整。在劳动合同领域，变更合同期限是常见的一种形式，但它并不等同于签订了一份新的合同。

2. 合同续签：则是指原合同到期后，双方再次协商并签订一份新的合同，以延续原有的劳动关系。续签合同意味着双方愿意在原有基础上继续合作，且通常视为一次新的合同签订行为。

二、变更主体与合同次数的判断

• 当第二次合同未到期时，如果双方通过协商变更了合同的某些条款（包括但不限于期限），这通常被视为对原合同的修改，而非签订了一份新的合同。因此，从合同次数的角度来看，这种变更并不增加合同的签订次数。

• 然而，如果变更涉及合同主体的根本性变化（如用人单位变更），这可能需要重新签订劳动合同，并视具体情况判断是否构成新的合同签订行为。但即便如此，这种变更也不应被简单地视为“第三次合同”的签订，因为它可能涉及更复杂的法律关系和权利义务的重新分配。

三、实务中的判断与风险防范

1. 实务判断：在实务中，判断合同变更是否构成新的合同签订行为，需要综合考虑变更的内容、目的以及双方的真实意图。如果变更仅是为了延长合同期限或调整其他非根本性条款，且双方均无意终止原有劳动关系，则通常不视为签订了新的合同。

2. 风险防范：为了避免因合同变更而引发的法律纠纷，用人单位和劳动者在协商变更合同时应明确变更的内容、目的以及可能产生的法律后果。同时，双方应保留好相关的书面证据，以便在发生争议时能够证明各自的主张。

四、特殊情况下的法律适用

• 在某些特殊情况下（如用人单位恶意规避连续订立二次固定期限劳动合同后应签订无固定期限劳动合同的规定），通过不断变更合同期限来规避法律责任的行为可能被认定为无效。这种情况下，即便表面上看似只签订了一次或两次合同，但实质上可能被视为连续订立了多次合同，从而触发无固定期限劳动合同的签订义务。

建议：在处理合同变更事宜时，用人单位和劳动者应谨慎对待，确保变更行为合法合规，并充分考虑可能产生的法律后果。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。