结论：两份合同中仅修改一方合同且有对方法人签字的情况下，合同是否有效需结合具体情形判断。若修改内容经双方协商一致且符合法定形式，则有效；反之，则可能无效或存在效力瑕疵。

分析：

1. 合同修改与签字效力的基本原则：

   • 根据《民法典》的相关规定，合同自当事人签字或盖章时成立并生效（除非法律另有规定或当事人另有约定）。合同修改亦需遵循此原则，即修改内容需经双方协商一致，并以书面形式确认。
   • 若仅修改一方合同，但修改内容已得到对方认可（如对方法人签字确认），且该修改不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则修改后的合同条款对双方具有约束力。

2. 对方法人签字的法律效力：

   • 对方法人签字通常视为对方对合同修改内容的认可。但需注意，签字人需具备相应的代表权或授权，否则签字行为可能无效。
   • 若签字人无代表权或超越授权范围，且相对人知道或应当知道该情形，则签字行为对对方不产生法律效力。但若相对人有理由相信签字人有代表权（如表见代理），则签字行为可能对对方产生法律效力。

3. 合同注明“签字生效”的影响：

   • 合同中注明“签字生效”意味着合同自签字时起具有法律效力。但此条款并不排除对合同修改的效力要求。即，合同修改亦需经双方签字确认方能生效。
   • 若仅修改一方合同且对方法人签字，但修改内容未经双方充分协商或存在重大误解、欺诈等情形，则修改后的合同条款可能因存在瑕疵而无效或可撤销。

4. 可能存在的风险与建议：

   • 风险：若修改内容未经对方充分认可或签字人无代表权，可能导致修改后的合同条款无效或产生纠纷。
   • 建议：在修改合同时，应确保修改内容经双方充分协商并达成一致意见；签字人应具备相应的代表权或授权；修改后的合同应以书面形式确认，并由双方签字或盖章。若对签字人的代表权或授权范围存在疑问，可要求对方提供相关证明文件。

具体情形下的效力判断：

1. 修改内容经双方充分协商且对方法人签字确认：

   • 在此情形下，修改后的合同条款对双方具有约束力，合同有效。

2. 修改内容未经对方充分认可或签字人无代表权：

   • 在此情形下，修改后的合同条款可能因存在瑕疵而无效或可撤销。若因此产生纠纷，可能需通过诉讼或仲裁等方式解决。

总结与建议：

在两份合同中仅修改一方合同且有对方法人签字的情况下，合同是否有效需结合具体情形判断。为确保合同修改的有效性，建议双方在修改合同时充分协商并达成一致意见；签字人应具备相应的代表权或授权；修改后的合同应以书面形式确认，并由双方签字或盖章。若对合同修改的效力存在疑问或产生纠纷，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。