结论前置：公司扣光擅自离职员工的工资和福利费的行为不合法，员工有权通过法律途径维护自身权益。以下从法律角度进行详细分析：

1. 工资扣减的合法性边界

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条及《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣或无故拖欠劳动者工资。即使员工擅自离职（即未提前30日书面通知解除劳动合同），公司也仅能通过以下合法途径主张权利：

• 要求赔偿损失：若员工擅自离职导致公司实际损失（如紧急招聘替代人员的费用、项目延误损失等），公司需举证损失金额，并从员工工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
• 追偿权：公司可通过劳动仲裁或诉讼要求员工赔偿直接经济损失，但不能直接扣光工资。

违法情形：若公司无法证明实际损失，或扣除金额超过法定比例，则属于违法克扣工资，员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金。

2. 福利费扣减的合法性分析

福利费（如年终奖、补贴、节日福利等）的性质需区分：

• 法定福利（如社会保险、住房公积金）：公司无权扣减，否则涉嫌违反《社会保险法》《住房公积金管理条例》。
• 约定福利（如合同中明确的年终奖、项目奖金）：若员工已满足领取条件（如完成年度工作），公司不得因离职而单方取消；若福利发放条件与在职状态挂钩（如“在职员工方可享受”），则可能合法，但需在劳动合同或规章制度中明确约定。

违法情形：若公司无合法依据扣减福利费，员工可要求补发，并可能通过劳动监察投诉或仲裁主张权益。

3. 员工维权路径

若遭遇公司违法扣减工资和福利费，员工可采取以下措施：

1. 协商解决：与公司沟通，要求出具扣款依据及计算明细。
2. 投诉举报：向当地劳动监察大队投诉（通常需在离职后1年内提出）。
3. 劳动仲裁：申请仲裁要求公司支付被扣工资、福利费及可能的经济补偿金（需在离职后1年内提出）。
4. 诉讼：对仲裁结果不服的，可向法院提起诉讼。

4. 对公司的风险提示

公司若擅自扣光员工工资和福利费，可能面临以下法律后果：

• 补发工资及福利费；
• 支付经济补偿金（若员工以此为由解除合同）；
• 劳动行政部门责令改正，并处以罚款；
• 损害公司商誉，引发劳动争议纠纷。

建议：公司应通过完善劳动合同、规章制度明确离职流程及违约责任，并在员工擅自离职时依法主张赔偿，而非直接扣减工资。

如有进一步疑问或需具体案例分析，可直接向我咨询。